295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6027 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 188 aa  376  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  47.37 
 
 		 574 aa  87.8  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  37.9 
 
 		 584 aa  68.2  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  41.33 
 
 		 479 aa  65.1  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  35.42 
 
 		 521 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  29.57 
 
 		 522 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 396 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0308  two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 239 aa  62  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 712 aa  61.6  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 396 aa  61.6  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 518 aa  60.5  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  32.11 
 
 		 395 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  35 
 
 		 1020 aa  57.8  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.6 
 
 		 323 aa  57.8  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  35.77 
 
 		 527 aa  57.4  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  36.08 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  34.41 
 
 		 711 aa  57  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.95 
 
 		 514 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.95 
 
 		 514 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.95 
 
 		 514 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 468 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 481 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.95 
 
 		 514 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  32.35 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.45 
 
 		 413 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  31.45 
 
 		 413 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  31.45 
 
 		 413 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3340  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 258 aa  54.3  0.0000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0454745 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 237 aa  53.9  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  28.43 
 
 		 762 aa  54.3  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  30.11 
 
 		 756 aa  54.3  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  26.36 
 
 		 223 aa  53.9  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.57 
 
 		 512 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  32.11 
 
 		 521 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 618 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  30 
 
 		 717 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3265  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.67 
 
 		 245 aa  53.5  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.45002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  28.68 
 
 		 425 aa  52.8  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  28.28 
 
 		 604 aa  52.8  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.64 
 
 		 263 aa  53.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  33.33 
 
 		 512 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3430  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.2 
 
 		 231 aa  52  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.11 
 
 		 236 aa  51.6  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0899  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.19 
 
 		 236 aa  51.2  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.383063 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  33.33 
 
 		 522 aa  50.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 458 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.98 
 
 		 945 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  33.85 
 
 		 261 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  30.43 
 
 		 1014 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 239 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.28 
 
 		 518 aa  51.2  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6507  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 270 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0763131  normal  0.20607 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 427 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  30.61 
 
 		 236 aa  50.1  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  33.01 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  27.08 
 
 		 531 aa  50.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  33.7 
 
 		 502 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 502 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0046  two component transcriptional regulator  34 
 
 		 233 aa  50.1  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  39.08 
 
 		 426 aa  49.7  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.14 
 
 		 242 aa  49.3  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  33.67 
 
 		 510 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 973 aa  49.3  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 973 aa  49.3  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 246 aa  49.3  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  34.13 
 
 		 452 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 948 aa  48.9  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  34.02 
 
 		 502 aa  48.9  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  32.5 
 
 		 235 aa  48.5  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  34.48 
 
 		 427 aa  48.9  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 493 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 948 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 493 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  36.05 
 
 		 427 aa  48.9  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 493 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 230 aa  48.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 436 aa  48.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0164  transcriptional regulatory component of sensory transduction system  28.93 
 
 		 151 aa  48.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00945737  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  33.68 
 
 		 515 aa  47.8  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  34.48 
 
 		 427 aa  48.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 966 aa  47.8  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 235 aa  47.8  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  32.47 
 
 		 774 aa  47.8  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 233 aa  47.8  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  29.75 
 
 		 961 aa  47.8  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  26.53 
 
 		 458 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 458 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2661  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 541 aa  47.4  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000865937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  32.47 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  29.03 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 427 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 436 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  29.03 
 
 		 525 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>