85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0862 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 458 aa  944    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  100 
 
 		 458 aa  944    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  100 
 
 		 458 aa  944    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  100 
 
 		 458 aa  944    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  96.72 
 
 		 458 aa  913    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  32.46 
 
 		 565 aa  204  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3029  invasion protein regulator  29.28 
 
 		 553 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3081  invasion protein regulator  29.28 
 
 		 553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3186  invasion protein regulator  29.28 
 
 		 555 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.735415 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2998  invasion protein regulator  29.28 
 
 		 553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000362876  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3065  invasion protein regulator  29.28 
 
 		 553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.359189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  23.86 
 
 		 521 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  38.67 
 
 		 479 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  36.27 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  20.94 
 
 		 525 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  23.25 
 
 		 521 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  32.53 
 
 		 977 aa  53.5  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  19.53 
 
 		 522 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 1092 aa  51.2  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  37.33 
 
 		 756 aa  51.6  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 901 aa  51.6  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  30.36 
 
 		 711 aa  50.8  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  28.4 
 
 		 584 aa  50.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  32.63 
 
 		 693 aa  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  31.82 
 
 		 604 aa  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  37.18 
 
 		 762 aa  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  21.53 
 
 		 522 aa  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 518 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  34.44 
 
 		 520 aa  48.5  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  32.14 
 
 		 531 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  20.69 
 
 		 510 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  34.78 
 
 		 717 aa  48.5  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0373  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 		 237 aa  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  29.89 
 
 		 711 aa  47.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 928 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  29.29 
 
 		 504 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 222 aa  47.4  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  32.98 
 
 		 330 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  32.98 
 
 		 330 aa  47.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  30.53 
 
 		 691 aa  47.4  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0697  response regulator receiver  32.14 
 
 		 224 aa  47.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.156095  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  33.33 
 
 		 580 aa  47.4  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0682  two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 224 aa  47.4  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.243903  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  27.08 
 
 		 188 aa  47  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 1020 aa  47  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  32.91 
 
 		 396 aa  46.6  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.84 
 
 		 945 aa  46.2  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.1 
 
 		 1075 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 1080 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0583  response regulator receiver domain-containing protein  33.71 
 
 		 231 aa  46.6  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000029507  normal  0.0148942 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  36.25 
 
 		 250 aa  46.6  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  25 
 
 		 527 aa  45.8  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 1075 aa  45.8  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0260  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 224 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.820416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.95 
 
 		 241 aa  45.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  31.65 
 
 		 396 aa  45.8  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  20.81 
 
 		 619 aa  45.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.21 
 
 		 256 aa  45.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  34.78 
 
 		 774 aa  45.8  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0821  two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 220 aa  45.8  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.321247  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0798  two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 220 aa  45.8  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 222 aa  45.8  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.1 
 
 		 1063 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 954 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2120  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.38 
 
 		 238 aa  44.3  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0819  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.52 
 
 		 246 aa  44.3  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1970  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 224 aa  44.3  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  29.2 
 
 		 953 aa  44.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 222 aa  44.7  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  44.3  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0883  response regulator receiver protein  31.65 
 
 		 244 aa  44.3  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  28.74 
 
 		 308 aa  44.3  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1074  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 229 aa  44.3  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000246777  normal  0.491091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  27.08 
 
 		 729 aa  44.3  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  29.9 
 
 		 325 aa  43.9  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.94 
 
 		 412 aa  43.9  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.67 
 
 		 236 aa  43.5  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  28.57 
 
 		 574 aa  43.9  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 229 aa  43.5  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.46 
 
 		 323 aa  43.5  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.06 
 
 		 542 aa  43.5  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 950 aa  43.5  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4474  two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 256 aa  43.1  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.35 
 
 		 232 aa  43.1  0.01  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  30.67 
 
 		 700 aa  43.1  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>