35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0883 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0883  response regulator receiver protein  100 
 
 		 244 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0885  transcriptional regulator, CadC  62.2 
 
 		 246 aa  295  6e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0760  response regulator receiver protein  53.19 
 
 		 273 aa  272  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3438  winged helix family two component response transcriptional regulator  47.6 
 
 		 250 aa  229  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0940  transcriptional regulator-related protein  46.75 
 
 		 247 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3632  response regulator receiver protein  46.83 
 
 		 265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0880  transcriptional regulator, CadC  46.09 
 
 		 247 aa  216  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.102623  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3240  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  45.93 
 
 		 247 aa  214  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0783  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  45.93 
 
 		 247 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3343  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  45.6 
 
 		 247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2749  putative transcriptional regulator, CadC  43.36 
 
 		 251 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3653  transcriptional regulator, CadC  43.72 
 
 		 249 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.409424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3459  transcriptional regulator, CadC  43.32 
 
 		 249 aa  201  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0833  transcriptional regulator, CadC  43.32 
 
 		 249 aa  201  7e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3534  transcriptional regulator, CadC  42.91 
 
 		 249 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0881  putative transcriptional regulator, CadC  26 
 
 		 246 aa  93.2  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0879  hypothetical protein  26.92 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00268947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3347  transcriptional regulator  24 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.730311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3244  response regulator receiver protein  23.02 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0779  response regulator receiver protein  22.62 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.365042  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0936  transcriptional regulator  24.77 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0653  hypothetical protein  23.51 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0793  putative transcriptional regulator, CadC  22.36 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0757  putative transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.19634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  35.42 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  35.42 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 220 aa  49.3  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 220 aa  47  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  31.65 
 
 		 458 aa  44.3  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 458 aa  44.3  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 458 aa  44.3  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 458 aa  44.3  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  36.23 
 
 		 522 aa  43.5  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  33 
 
 		 396 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 458 aa  43.1  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>