More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_3544 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  100 
 
 
945 aa  1909    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4087  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.99 
 
 
1110 aa  173  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  50 
 
 
323 aa  146  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  57.14 
 
 
469 aa  127  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  26.76 
 
 
1238 aa  126  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  41.72 
 
 
724 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2583  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 
1714 aa  117  8.999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  27.71 
 
 
782 aa  116  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3695  Tetratricopeptide TPR_4  26.52 
 
 
1914 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.174493 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  29.6 
 
 
1313 aa  99  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  40.5 
 
 
619 aa  97.1  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  25.69 
 
 
1060 aa  95.9  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 
1526 aa  94.7  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 
1101 aa  93.6  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  25.98 
 
 
1025 aa  92.4  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  26.07 
 
 
957 aa  90.1  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 
1261 aa  89.4  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.15 
 
 
991 aa  87.8  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  28.44 
 
 
985 aa  85.9  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
1063 aa  85.1  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  28.5 
 
 
828 aa  84  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  30.57 
 
 
1022 aa  80.5  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 
412 aa  78.6  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  38.14 
 
 
290 aa  78.2  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  25.99 
 
 
816 aa  77.4  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  25.16 
 
 
1266 aa  77  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 
760 aa  77  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  37.9 
 
 
292 aa  76.3  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3980  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.85 
 
 
1023 aa  75.5  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  33.12 
 
 
1074 aa  75.9  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2256  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.14 
 
 
1295 aa  73.9  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  28.31 
 
 
1298 aa  73.9  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  24.79 
 
 
1048 aa  73.9  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0414  hypothetical protein  27.78 
 
 
490 aa  73.6  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0243225  normal  0.732046 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.27 
 
 
412 aa  73.6  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 
714 aa  72.4  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1916  TPR repeat-containing protein  30.63 
 
 
1172 aa  72.4  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.506674  normal  0.439815 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2114  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 
872 aa  71.6  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.566849  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3130  TPR repeat-containing protein  27.91 
 
 
408 aa  71.6  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000180384 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  39.13 
 
 
1075 aa  71.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  39.13 
 
 
1089 aa  71.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  45.12 
 
 
693 aa  71.2  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  24.23 
 
 
522 aa  71.2  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  39.13 
 
 
1089 aa  71.2  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  34.29 
 
 
490 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  32.87 
 
 
438 aa  70.5  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2620  Tetratricopeptide TPR_4  29.91 
 
 
303 aa  70.9  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.866097  normal  0.0216756 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0229  tetratricopeptide TPR_3  33.33 
 
 
689 aa  69.7  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  34.82 
 
 
525 aa  70.1  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 
237 aa  70.1  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2412  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 
263 aa  69.3  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  28.21 
 
 
1054 aa  69.3  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.77 
 
 
852 aa  69.7  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  24.45 
 
 
531 aa  69.3  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0357  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.13 
 
 
1424 aa  68.9  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00127061 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0458  NB-ARC domain protein  25.09 
 
 
941 aa  68.6  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 
956 aa  68.2  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4825  tetratricopeptide TPR_3  29.55 
 
 
1009 aa  68.2  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  37.5 
 
 
510 aa  67.8  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  32.79 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3705  TPR repeat-containing protein  25.2 
 
 
1450 aa  67.4  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0896934  hitchhiker  0.00000122857 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  33.6 
 
 
977 aa  67  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  35.09 
 
 
928 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  38.6 
 
 
1080 aa  67.4  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  37.5 
 
 
468 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 
1102 aa  67  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0269  TPR repeat-containing protein  30.82 
 
 
729 aa  67.8  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  38.26 
 
 
1067 aa  67  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.55 
 
 
609 aa  67  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  27.18 
 
 
1071 aa  67  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  36.22 
 
 
1092 aa  66.6  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  26.01 
 
 
2145 aa  66.2  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3637  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 
1285 aa  66.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.62 
 
 
232 aa  66.2  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  25.3 
 
 
755 aa  66.2  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  39.8 
 
 
382 aa  65.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  32.67 
 
 
1092 aa  65.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  35.29 
 
 
481 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1930  transcriptional activator domain-containing protein  36.59 
 
 
991 aa  65.1  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.816243  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  36.9 
 
 
691 aa  64.7  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  37.72 
 
 
1075 aa  64.3  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3287  transcriptional activator domain protein  26.82 
 
 
1044 aa  63.9  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0920226  hitchhiker  0.00000903469 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.72 
 
 
1075 aa  64.3  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3806  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 
600 aa  63.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1420  TPR repeat-containing protein  27.51 
 
 
809 aa  63.5  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128456  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3228  TPR repeat-containing protein  29.22 
 
 
726 aa  63.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  37.25 
 
 
234 aa  63.5  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.12 
 
 
636 aa  63.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.72 
 
 
1063 aa  63.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  28.18 
 
 
961 aa  63.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2111  ATP-binding region ATPase domain protein  26.32 
 
 
645 aa  62.8  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.184163  normal  0.230765 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0844  two component transcriptional regulator  31 
 
 
235 aa  62.4  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  35.58 
 
 
236 aa  62.4  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  25.81 
 
 
792 aa  62  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  27.27 
 
 
999 aa  62  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  27 
 
 
712 aa  61.6  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  36.36 
 
 
591 aa  61.6  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  26.34 
 
 
965 aa  61.6  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  33.96 
 
 
946 aa  61.6  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  35.04 
 
 
729 aa  61.6  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.178679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>