More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2122 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  100 
 
 		 1071 aa  2160    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  36.35 
 
 		 1088 aa  520  1e-146  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  35.37 
 
 		 1025 aa  469  1.0000000000000001e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  34.37 
 
 		 921 aa  421  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  35.86 
 
 		 981 aa  419  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  35.38 
 
 		 931 aa  412  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  35.17 
 
 		 1030 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  33.19 
 
 		 990 aa  404  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  33.57 
 
 		 989 aa  403  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  32.05 
 
 		 995 aa  386  1e-105  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  32.64 
 
 		 1020 aa  386  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  33.63 
 
 		 1033 aa  380  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  35.11 
 
 		 940 aa  380  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  30.54 
 
 		 1003 aa  376  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  33.94 
 
 		 1014 aa  373  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  31.27 
 
 		 1022 aa  371  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  32.79 
 
 		 934 aa  372  1e-101  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  32.38 
 
 		 1054 aa  370  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  38.9 
 
 		 1010 aa  363  7.0000000000000005e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  33.33 
 
 		 946 aa  358  1.9999999999999998e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  31.01 
 
 		 1108 aa  357  6.999999999999999e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  32 
 
 		 956 aa  356  1e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  30.79 
 
 		 1027 aa  353  8e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  31.85 
 
 		 992 aa  353  1e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  33.94 
 
 		 990 aa  350  6e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  34.41 
 
 		 915 aa  350  8e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  33.3 
 
 		 941 aa  348  2e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  33.05 
 
 		 970 aa  348  2e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  34.36 
 
 		 965 aa  348  2e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  32.55 
 
 		 919 aa  347  8e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 1048 aa  346  2e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  32.76 
 
 		 1008 aa  343  1e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  31.26 
 
 		 993 aa  343  1e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3801  transcriptional regulator, SARP family  32.41 
 
 		 993 aa  341  5e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000525265 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  33.22 
 
 		 921 aa  338  2.9999999999999997e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  33.33 
 
 		 950 aa  335  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  32.08 
 
 		 1003 aa  334  4e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  33.41 
 
 		 928 aa  332  3e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  35.79 
 
 		 983 aa  330  1.0000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  32.28 
 
 		 913 aa  329  2.0000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  31.02 
 
 		 992 aa  321  5e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  30.37 
 
 		 1017 aa  320  7.999999999999999e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  33.26 
 
 		 935 aa  320  1e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  32.01 
 
 		 1001 aa  318  4e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  31.42 
 
 		 996 aa  317  9.999999999999999e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  31.16 
 
 		 907 aa  315  3.9999999999999997e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  30.88 
 
 		 1021 aa  311  5e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  30.99 
 
 		 928 aa  308  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  35.73 
 
 		 621 aa  308  5.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  34.93 
 
 		 788 aa  306  1.0000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3394  transcriptional regulator, SARP family  32.7 
 
 		 978 aa  304  6.000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000625659 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  35.64 
 
 		 790 aa  304  7.000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  29.95 
 
 		 1011 aa  302  2e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  30.65 
 
 		 930 aa  301  5e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4966  transcriptional regulator, SARP family  30.8 
 
 		 1030 aa  301  6e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.998552 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  30.11 
 
 		 982 aa  301  6e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  35.29 
 
 		 797 aa  300  7e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  31.3 
 
 		 908 aa  300  1e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0687  transcriptional regulator, SARP family  30.72 
 
 		 1003 aa  298  3e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.622837 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  30.85 
 
 		 954 aa  297  6e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  30.77 
 
 		 964 aa  297  9e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  30.99 
 
 		 967 aa  296  1e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  33.19 
 
 		 965 aa  296  1e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  29.91 
 
 		 971 aa  291  6e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  32.41 
 
 		 962 aa  290  1e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  30.68 
 
 		 1022 aa  281  4e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5531  transcriptional regulator, SARP family  35.57 
 
 		 963 aa  279  2e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.394906 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 654 aa  275  3e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6346  transcriptional regulator, SARP family  32.44 
 
 		 1034 aa  273  2e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  32.69 
 
 		 775 aa  271  5e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29840  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  39.05 
 
 		 496 aa  270  1e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  34.2 
 
 		 1138 aa  270  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  35.5 
 
 		 926 aa  267  8.999999999999999e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3101  transcriptional regulator, SARP family  36.65 
 
 		 910 aa  264  6e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.423529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  33.38 
 
 		 715 aa  261  5.0000000000000005e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  29.95 
 
 		 1025 aa  259  3e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  34.71 
 
 		 910 aa  257  8e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1398  SARP family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 1319 aa  255  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  32.47 
 
 		 850 aa  255  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0207  putative transcriptional regulator  40.05 
 
 		 453 aa  254  6e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.957987  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3484  transcriptional regulator, SARP family  28.88 
 
 		 981 aa  253  9.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  29.19 
 
 		 1013 aa  251  4e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3097  transcriptional regulator, SARP family  35.14 
 
 		 915 aa  250  9e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5833  transcriptional regulator, SARP family  32.7 
 
 		 937 aa  247  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5472  transcriptional regulator, SARP family  39.01 
 
 		 994 aa  241  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.959943  normal  0.441932 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2430  transcriptional regulator, SARP family  33.94 
 
 		 612 aa  239  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  35.66 
 
 		 632 aa  237  8e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  32.82 
 
 		 838 aa  235  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  31.54 
 
 		 792 aa  232  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4465  transcriptional regulator, SARP family  35.82 
 
 		 1024 aa  232  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.435845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2592  SARP family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 602 aa  232  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0592694 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2437  transcriptional activator domain-containing protein  33.28 
 
 		 597 aa  231  7e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0868593  normal  0.755858 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5118  SARP family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 1346 aa  229  3e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0180644  normal  0.388014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4191  SARP family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 621 aa  226  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3942  TPR repeat-containing protein  31.1 
 
 		 755 aa  226  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058875  normal  0.0427407 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4597  transcriptional regulator, SARP family  34.85 
 
 		 582 aa  223  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6515  transcriptional regulator, SARP family  31.79 
 
 		 1004 aa  223  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.409149  normal  0.360927 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0669  SARP family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 622 aa  219  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1770  Tetratricopeptide TPR_4  27.29 
 
 		 741 aa  215  3.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430666  normal  0.588831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3637  transcriptional regulator, XRE family  30.84 
 
 		 757 aa  209  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317729  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>