183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3806 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3806  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 600 aa  1234    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1907  TPR repeat-containing protein  26.89 
 
 		 575 aa  140  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2664  putative PAS/PAC sensor protein  35.94 
 
 		 695 aa  99.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.228466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0071  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 617 aa  99  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0689126  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1420  TPR repeat-containing protein  28.44 
 
 		 809 aa  78.2  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128456  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  24.23 
 
 		 1238 aa  74.7  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3695  Tetratricopeptide TPR_4  23.37 
 
 		 1914 aa  74.7  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.174493 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  39.08 
 
 		 1127 aa  75.1  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.53 
 
 		 991 aa  74.7  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  23.62 
 
 		 1313 aa  74.3  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  32.04 
 
 		 1111 aa  72.4  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.68 
 
 		 1177 aa  72.4  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  33 
 
 		 1128 aa  72  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2746  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1096 aa  71.6  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  21.97 
 
 		 782 aa  71.2  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  24.03 
 
 		 571 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  22.74 
 
 		 957 aa  69.7  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  25.09 
 
 		 1261 aa  69.3  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  25.89 
 
 		 1526 aa  68.6  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 1025 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0685  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 		 436 aa  68.2  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105073  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  25.93 
 
 		 1266 aa  66.2  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.73 
 
 		 609 aa  66.6  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  24.75 
 
 		 755 aa  64.7  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  24.12 
 
 		 1101 aa  64.3  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.27 
 
 		 945 aa  63.9  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1245  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.43 
 
 		 568 aa  63.9  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0199548 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1215  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 568 aa  63.9  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3508  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 426 aa  63.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  25.54 
 
 		 650 aa  62.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 438 aa  62.8  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1981  transcriptional regulator, SARP family  22.44 
 
 		 1033 aa  61.6  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0609683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1060 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  29.03 
 
 		 828 aa  61.2  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  21.1 
 
 		 928 aa  61.2  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1366  hypothetical protein  23.98 
 
 		 825 aa  60.5  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  22.18 
 
 		 1025 aa  59.7  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  23.55 
 
 		 985 aa  60.1  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  22.09 
 
 		 1063 aa  60.1  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0340  hypothetical protein  29.1 
 
 		 2413 aa  60.1  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.259192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1916  TPR repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1172 aa  59.3  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.506674  normal  0.439815 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 		 760 aa  59.3  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  27.64 
 
 		 560 aa  58.9  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0765  tetratricopeptide TPR_2  27.03 
 
 		 1180 aa  58.9  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.82828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2583  TPR repeat-containing protein  21.05 
 
 		 1714 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1432  sensor histidine kinase  26.95 
 
 		 621 aa  58.2  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.197546 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0044  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  22.85 
 
 		 1360 aa  58.5  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0143745  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2835  TPR repeat-containing protein  28.74 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.356723  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  22.66 
 
 		 545 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1718  tetratricopeptide TPR_4  30.26 
 
 		 799 aa  56.2  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3130  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 		 408 aa  57  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180384 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.02 
 
 		 852 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  22.94 
 
 		 1147 aa  56.2  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.38 
 
 		 636 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6069  signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 		 659 aa  55.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1746  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.75 
 
 		 767 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1930  transcriptional activator domain-containing protein  29.86 
 
 		 991 aa  56.2  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.816243  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  20.69 
 
 		 1048 aa  55.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2256  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.74 
 
 		 1295 aa  55.5  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 949 aa  54.7  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0446  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.36 
 
 		 2741 aa  54.7  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1290  TPR repeat-containing protein  27.51 
 
 		 343 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1587  NB-ARC  31.68 
 
 		 1044 aa  54.7  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.257434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  23.53 
 
 		 714 aa  54.7  0.000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 799 aa  54.7  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1771  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25 
 
 		 1403 aa  54.3  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00900617  normal  0.173635 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1444  TPR repeat-containing protein  29.5 
 
 		 181 aa  54.3  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  24.65 
 
 		 681 aa  54.3  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 412 aa  53.9  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4825  tetratricopeptide TPR_3  28.68 
 
 		 1009 aa  53.9  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0414  hypothetical protein  28.17 
 
 		 490 aa  53.5  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0243225  normal  0.732046 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3708  hypothetical protein  29.3 
 
 		 1039 aa  53.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.98 
 
 		 1279 aa  53.5  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43422  predicted protein  26.46 
 
 		 836 aa  53.5  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.293567  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0462  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.36 
 
 		 2741 aa  53.5  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  23.79 
 
 		 816 aa  52.8  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3796  tetratricopeptide TPR_2  25.88 
 
 		 1040 aa  52.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0977  TPR repeat-containing protein  28.14 
 
 		 1215 aa  52.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.153699  normal  0.773463 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1768  TPR repeat-containing protein  22.22 
 
 		 923 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.706396 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  22.53 
 
 		 988 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  26.62 
 
 		 2145 aa  52.8  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3386  NB-ARC domain-containing protein  22.97 
 
 		 834 aa  52  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.167354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1102  tetratricopeptide TPR_2  27.18 
 
 		 1507 aa  52  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  26.22 
 
 		 1298 aa  52.4  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3532  NB-ARC domain-containing protein  24.42 
 
 		 827 aa  52  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0416  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 481 aa  52  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.80889 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  23.2 
 
 		 1056 aa  51.6  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2730  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  21.63 
 
 		 1429 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.225426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5154  TPR repeat-containing protein  25.82 
 
 		 1596 aa  51.6  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3729  TPR-related region  23.01 
 
 		 340 aa  51.6  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0045227  normal  0.589192 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  27.59 
 
 		 1054 aa  50.8  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4084  TPR repeat-containing protein  27 
 
 		 843 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0894  TPR-related region  24.68 
 
 		 364 aa  50.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179778 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  22.15 
 
 		 809 aa  49.7  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0600  tetratricopeptide domain-containing protein  25.61 
 
 		 349 aa  50.1  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.709522  hitchhiker  0.000000000136146 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2968  kinesin light chain  31.08 
 
 		 493 aa  49.3  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.220917  normal  0.147814 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2765  TPR repeat-containing protein  26.7 
 
 		 751 aa  49.3  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_54602  predicted protein  22.88 
 
 		 740 aa  48.9  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  28.36 
 
 		 695 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2533  TPR repeat-containing protein  25.16 
 
 		 798 aa  49.3  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.617329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>