More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_4558 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 323 aa  662    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  50 
 
 		 945 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  59.8 
 
 		 469 aa  135  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  42.86 
 
 		 724 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.59 
 
 		 619 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  47.25 
 
 		 693 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  37.98 
 
 		 382 aa  79  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  31.16 
 
 		 525 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  39.39 
 
 		 1075 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  39.39 
 
 		 1089 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  35 
 
 		 1074 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2778  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  39.39 
 
 		 1089 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  39.33 
 
 		 691 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 1080 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  36.29 
 
 		 729 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  30.43 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  32.33 
 
 		 977 aa  66.2  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  36 
 
 		 1102 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  38.38 
 
 		 1067 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 1075 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  37.89 
 
 		 711 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 231 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.21 
 
 		 1063 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.21 
 
 		 1075 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  37.72 
 
 		 510 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3580  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0214492  hitchhiker  0.00000165063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0378  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  30.08 
 
 		 717 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  33.67 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  34.07 
 
 		 521 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 954 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  38.55 
 
 		 725 aa  63.5  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0130  two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.848842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  31.01 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  32.65 
 
 		 956 aa  62.8  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  34 
 
 		 1092 aa  62.4  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 		 521 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1018  response regulator  32.65 
 
 		 234 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.54503  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 490 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  29.85 
 
 		 522 aa  62  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3454  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.66 
 
 		 223 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 231 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1275  DNA-binding response regulator  32 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1218  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1040  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1017  response regulator  32.65 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0627963  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1119  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  39.53 
 
 		 1020 aa  61.6  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 601 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.54 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 601 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  39.33 
 
 		 591 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1198  DNA-binding response regulator  32.65 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.885409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 412 aa  61.6  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 591 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  32.54 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 601 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  32.54 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  33.93 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0844  two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.51 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.81 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 966 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3585  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0667387  hitchhiker  0.00000255607 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0373  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3006  two component transcriptional regulator  31.53 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.391944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  31.75 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 237 aa  59.7  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  36.36 
 
 		 1092 aa  59.7  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 928 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  35 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  36 
 
 		 1131 aa  59.7  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.08 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4168  DNA-binding response regulator  28.24 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.08 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 959 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 425 aa  59.3  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6981  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.53 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  29.69 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  37.14 
 
 		 396 aa  59.3  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  29.23 
 
 		 233 aa  58.9  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1173  DNA-binding response regulator  29.01 
 
 		 234 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.423617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  32.41 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  35.79 
 
 		 244 aa  58.9  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1986  two component transcriptional regulator  24.81 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 658 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2783  two component transcriptional regulator  30.95 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  26.62 
 
 		 950 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 961 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  30.95 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0589  two component transcriptional regulator  28.32 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.588929  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 183 aa  57.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.67 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  36.19 
 
 		 396 aa  57  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2146  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 518 aa  57  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 493 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>