113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_1875 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 183 aa  363  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  37.86 
 
 		 729 aa  64.3  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  37 
 
 		 725 aa  63.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 323 aa  57.8  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.98 
 
 		 518 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  29.91 
 
 		 711 aa  55.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.25 
 
 		 945 aa  55.5  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  39.29 
 
 		 290 aa  55.1  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 541 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  40 
 
 		 292 aa  53.9  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2897  transcriptional regulator, CadC  39.24 
 
 		 299 aa  53.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  33.66 
 
 		 395 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  34.34 
 
 		 294 aa  52.4  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  34.12 
 
 		 678 aa  52  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  34.23 
 
 		 469 aa  51.2  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  29.45 
 
 		 711 aa  51.2  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.14 
 
 		 512 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 227 aa  49.7  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  35.29 
 
 		 522 aa  49.7  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.29 
 
 		 523 aa  49.3  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  35.35 
 
 		 510 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  34.94 
 
 		 512 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  37.84 
 
 		 382 aa  48.9  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  32.32 
 
 		 226 aa  48.9  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  30.61 
 
 		 717 aa  48.9  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.09 
 
 		 542 aa  47.8  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 601 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 601 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  33.66 
 
 		 227 aa  47  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  34.19 
 
 		 601 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 227 aa  47.4  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  33.66 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0247  two component transcriptional regulator  31.65 
 
 		 226 aa  46.6  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 1020 aa  47  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5374  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  29.09 
 
 		 762 aa  45.8  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1759  two component transcriptional regulator  29.07 
 
 		 220 aa  45.8  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  34.17 
 
 		 396 aa  45.4  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  45.4  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 223 aa  45.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  31.07 
 
 		 294 aa  45.1  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 247 aa  45.1  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 1080 aa  45.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4944  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 224 aa  45.1  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 330 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  34.17 
 
 		 396 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0538  sensory transduction regulator  36.11 
 
 		 222 aa  45.1  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  30.83 
 
 		 1092 aa  44.7  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  31.25 
 
 		 479 aa  44.7  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 228 aa  43.9  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  30.3 
 
 		 226 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  34.69 
 
 		 330 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 712 aa  43.5  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2444  two component transcriptional regulator  31.87 
 
 		 221 aa  43.5  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.237692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 241 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 591 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  30.83 
 
 		 1089 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  30.83 
 
 		 1089 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4252  two component transcriptional regulator  26.88 
 
 		 228 aa  43.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542635  unclonable  0.0000000142406 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 591 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  32 
 
 		 218 aa  43.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3983  transcriptional regulatory protein, C  29.93 
 
 		 254 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.35 
 
 		 226 aa  43.5  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  27.97 
 
 		 522 aa  42.7  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 618 aa  42.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  30.61 
 
 		 282 aa  42.7  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  33.33 
 
 		 219 aa  42.7  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6645  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 217 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  33.66 
 
 		 249 aa  42.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4784  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 218 aa  42.4  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0755771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1270  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 270 aa  42.7  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.474734 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  32.99 
 
 		 1075 aa  42.7  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3340  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 258 aa  42.4  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0454745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  34.72 
 
 		 715 aa  42.4  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  34.23 
 
 		 525 aa  42.4  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 		 225 aa  42.4  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  33.77 
 
 		 774 aa  42.4  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 1092 aa  42.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2022  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.43 
 
 		 227 aa  42  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.203611  normal  0.416027 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  40.48 
 
 		 391 aa  42  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000567169  hitchhiker  0.00000562153 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05473  hypothetical protein  36.76 
 
 		 200 aa  42  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  28.42 
 
 		 223 aa  42  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 248 aa  42  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3964  transcriptional regulatory protein C  28.99 
 
 		 254 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  35 
 
 		 238 aa  41.6  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  26.47 
 
 		 226 aa  41.6  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  31.86 
 
 		 262 aa  41.6  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.37 
 
 		 241 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>