More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2444 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2444  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  431  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.237692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5651  response regulator receiver protein  72.3 
 
 		 222 aa  311  6.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.205762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.35 
 
 		 234 aa  268  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1941  response regulator receiver  60.37 
 
 		 217 aa  246  2e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0304  response regulator receiver protein  60.37 
 
 		 218 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.818258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1627  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.37 
 
 		 218 aa  238  5.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.393195 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24140  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  60.83 
 
 		 231 aa  235  5.0000000000000005e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00201668  decreased coverage  0.0036779 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2298  winged helix family two component transcriptional regulator  58.53 
 
 		 217 aa  234  6e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.359979 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3750  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.37 
 
 		 220 aa  234  8e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169526  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.99 
 
 		 217 aa  233  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00296965  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0152  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.08 
 
 		 218 aa  230  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.541846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4521  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.315032 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1458  two component transcriptional regulator  58.18 
 
 		 222 aa  228  4e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00630531 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1496  response regulator receiver  58.18 
 
 		 222 aa  228  5e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.23196  normal  0.62159 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5939  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.22 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2885  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.22 
 
 		 217 aa  226  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.56822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6645  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.26 
 
 		 217 aa  225  4e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1032  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.53 
 
 		 218 aa  224  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.015145 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6946  two component transcriptional regulator  56.22 
 
 		 219 aa  221  6e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.383627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  54.93 
 
 		 214 aa  220  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0839  response regulator receiver protein  57.67 
 
 		 217 aa  219  3e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3839  two component transcriptional regulator  58.22 
 
 		 214 aa  218  6e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4784  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.62 
 
 		 218 aa  214  5.9999999999999996e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0755771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6773  response regulator receiver protein  54.42 
 
 		 215 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1526  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.37 
 
 		 225 aa  209  3e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8629  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.3 
 
 		 218 aa  208  6e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0375098  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4944  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.07 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.6 
 
 		 218 aa  201  6e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5374  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.61 
 
 		 218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0082  two component transcriptional regulator  52.53 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0520  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.43 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.896215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6028  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.53 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497989 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4514  two component transcriptional regulator, winged helix family  53 
 
 		 222 aa  189  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0331921  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1424  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.61 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.962771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5788  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.53 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.767422  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0520  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 224 aa  181  5.0000000000000004e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4756  response regulator receiver protein  50.69 
 
 		 231 aa  180  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666575  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1412  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7133  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 243 aa  178  7e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0709918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26840  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  48.39 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.871857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 231 aa  175  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  45.66 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.66 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.66 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  43.38 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.38 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.38 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.38 
 
 		 224 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.09 
 
 		 224 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.55 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0861  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.25 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  45 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  43.12 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.26 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0029  DNA-binding response regulator CzrR  42.47 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000398254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  43.18 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.47 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.216902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.47 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.955175  hitchhiker  0.00039578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0046  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.47 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.398344  normal  0.151204 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1598  response regulator receiver  42.73 
 
 		 226 aa  158  6e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  43.18 
 
 		 224 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 224 aa  158  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 224 aa  158  8e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.84 
 
 		 224 aa  157  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.12 
 
 		 226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 235 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.36 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  42.08 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.26 
 
 		 231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  43.44 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.39 
 
 		 232 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37500  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.36 
 
 		 225 aa  154  8e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0213695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.12 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0781  hypothetical protein  42.2 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 222 aa  152  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.22 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 231 aa  152  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0752  hypothetical protein  41.74 
 
 		 223 aa  151  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.83 
 
 		 223 aa  151  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 224 aa  151  8e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  40.83 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.18 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.28 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0197  transcriptional activator protein, response regulator  37.33 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0086442  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.2 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  41.74 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  37.05 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  41.07 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0440  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.747409  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  42.79 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>