More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5241 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 330 aa  666    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  96.97 
 
 		 330 aa  645    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  76.06 
 
 		 330 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3839  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 210 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  38.72 
 
 		 277 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.07 
 
 		 210 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.73 
 
 		 212 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 209 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  43.62 
 
 		 204 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.49 
 
 		 222 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.71 
 
 		 228 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2356  response regulator receiver protein  46.56 
 
 		 215 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  43.46 
 
 		 212 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5310  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 228 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2279  two component LuxR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 212 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 214 aa  150  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 204 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 215 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 220 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.85 
 
 		 230 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  40.1 
 
 		 226 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  42.31 
 
 		 212 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 212 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 214 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 224 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 214 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 214 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 224 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.39 
 
 		 230 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7459  nodulation protein W, two-component transcriptional regulator  42.05 
 
 		 219 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 206 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6169  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.66 
 
 		 221 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 208 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  43.16 
 
 		 233 aa  140  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 208 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 208 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  43.3 
 
 		 208 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  41.97 
 
 		 209 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.71 
 
 		 213 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0042  LuxR family DNA-binding response regulator  42.08 
 
 		 212 aa  137  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0038  LuxR family DNA-binding response regulator  42.08 
 
 		 212 aa  137  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 216 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 207 aa  136  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  40.11 
 
 		 212 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 207 aa  135  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 209 aa  135  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.04 
 
 		 208 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 208 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2317  two component LuxR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 209 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  37.17 
 
 		 205 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5318  two component LuxR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 247 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00034283  normal  0.590249 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  39.04 
 
 		 208 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  39.57 
 
 		 208 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  36.84 
 
 		 205 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.29 
 
 		 213 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1685  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.03 
 
 		 215 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166103  normal  0.907447 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.63 
 
 		 218 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 240 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.02 
 
 		 224 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5708  two component LuxR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 221 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306208 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6495  two component LuxR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 214 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  38.22 
 
 		 212 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5742  two component LuxR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 219 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.505537  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 210 aa  132  9e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  36.95 
 
 		 214 aa  132  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  41.84 
 
 		 218 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 208 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  37.37 
 
 		 205 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6853  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.27 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 208 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.43 
 
 		 210 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5185  two component LuxR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 213 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.22 
 
 		 214 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5156  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.9 
 
 		 208 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4653  two component LuxR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 209 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5152  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.1 
 
 		 207 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341934  normal  0.483556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  38.54 
 
 		 205 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 214 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  35.83 
 
 		 210 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1553  two component LuxR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 212 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 214 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2884  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 229 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.538425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>