More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1342 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  100 
 
 		 205 aa  410  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  82.93 
 
 		 205 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  83.41 
 
 		 203 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  75.12 
 
 		 205 aa  316  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  69.27 
 
 		 205 aa  297  7e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  67.32 
 
 		 205 aa  294  5e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  67.16 
 
 		 205 aa  291  5e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.67 
 
 		 205 aa  231  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  57.58 
 
 		 205 aa  228  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 210 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 202 aa  218  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  52.74 
 
 		 213 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  53.33 
 
 		 205 aa  207  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 203 aa  204  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  50 
 
 		 202 aa  199  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 202 aa  199  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 213 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  49.49 
 
 		 204 aa  192  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  48.47 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  46.5 
 
 		 205 aa  191  9e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  53.85 
 
 		 205 aa  190  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  44.67 
 
 		 204 aa  183  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 210 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.66 
 
 		 208 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 208 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 216 aa  181  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 212 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 208 aa  181  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 		 207 aa  180  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  45 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 208 aa  177  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  42.93 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  43.78 
 
 		 210 aa  175  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 203 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4961  two component LuxR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 214 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373586  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3199  two component LuxR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 214 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529866  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  45.26 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 212 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.28 
 
 		 211 aa  171  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.28 
 
 		 211 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  43.88 
 
 		 212 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 218 aa  171  6.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  43.78 
 
 		 210 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.37 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  45.31 
 
 		 202 aa  168  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.32 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 214 aa  168  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 209 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  42.93 
 
 		 210 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  42.93 
 
 		 210 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 210 aa  163  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 208 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  40 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  41.21 
 
 		 215 aa  161  6e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 207 aa  161  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 201 aa  160  9e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  39.41 
 
 		 212 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  39.39 
 
 		 209 aa  159  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  40.39 
 
 		 214 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 214 aa  158  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 206 aa  158  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  157  9e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000059529 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  42.21 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 209 aa  155  3e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.7 
 
 		 214 aa  155  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 203 aa  154  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000207768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.58 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 210 aa  152  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2567  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0907  two component LuxR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.285724  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  40.1 
 
 		 211 aa  151  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.58 
 
 		 210 aa  151  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 233 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>