More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5540 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  100 
 
 		 226 aa  461  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6853  two component transcriptional regulator, LuxR family  75.22 
 
 		 223 aa  335  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  59.28 
 
 		 204 aa  231  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5708  two component LuxR family transcriptional regulator  59.24 
 
 		 221 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306208 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  53.81 
 
 		 209 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 226 aa  206  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  49.29 
 
 		 212 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.26 
 
 		 212 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.89 
 
 		 222 aa  191  7e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  46.63 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 206 aa  189  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  47 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.53 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 214 aa  184  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 214 aa  184  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 214 aa  184  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.51 
 
 		 213 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  47.5 
 
 		 212 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  47.76 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 214 aa  182  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2356  response regulator receiver protein  49.49 
 
 		 215 aa  182  3e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 210 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.72 
 
 		 213 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4615  two component LuxR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7267  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 217 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2884  two component LuxR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.538425 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.69 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  43.63 
 
 		 204 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6495  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 214 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5742  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.505537  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  44.39 
 
 		 206 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.88 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.64 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.17 
 
 		 209 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0042  LuxR family DNA-binding response regulator  44.9 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0038  LuxR family DNA-binding response regulator  44.9 
 
 		 212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5458  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 		 213 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0682828  normal  0.0164406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3839  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.36 
 
 		 210 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  48.47 
 
 		 202 aa  171  9e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 208 aa  169  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 203 aa  169  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7459  nodulation protein W, two-component transcriptional regulator  45.59 
 
 		 219 aa  168  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1553  two component LuxR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 212 aa  168  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  43 
 
 		 205 aa  168  8e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  44.5 
 
 		 208 aa  168  8e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.39 
 
 		 224 aa  167  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1685  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 215 aa  167  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166103  normal  0.907447 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 209 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6169  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.79 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00709  nodulation protein  43.37 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00695869  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 240 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  42.78 
 
 		 203 aa  164  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  42.49 
 
 		 205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  44.5 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  44.5 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5310  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5152  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.88 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341934  normal  0.483556 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2279  two component LuxR family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 212 aa  161  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  55.13 
 
 		 183 aa  161  9e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  41.75 
 
 		 205 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 214 aa  159  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  41.47 
 
 		 231 aa  157  9e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  42.21 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  40.72 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 209 aa  156  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  41.24 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6678  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.83 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1946  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.68 
 
 		 220 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 205 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  44.5 
 
 		 212 aa  155  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 207 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.1 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  40.1 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  40.1 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 207 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0276  two component transcription LuxR family regulatory protein  40.84 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00306595  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  41.33 
 
 		 205 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  40.31 
 
 		 218 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5318  two component LuxR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00034283  normal  0.590249 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  41.29 
 
 		 212 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  44.39 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>