More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6273 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  100 
 
 		 204 aa  410  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  67.68 
 
 		 205 aa  272  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.57 
 
 		 205 aa  217  7e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  53.92 
 
 		 204 aa  204  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  56.28 
 
 		 205 aa  204  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  51.24 
 
 		 213 aa  203  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  53.27 
 
 		 214 aa  198  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  49.75 
 
 		 203 aa  197  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 207 aa  195  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  50 
 
 		 203 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 203 aa  194  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  55.38 
 
 		 205 aa  194  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 210 aa  194  9e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  49.49 
 
 		 205 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  49.23 
 
 		 205 aa  191  7e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  49.75 
 
 		 205 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  50.75 
 
 		 205 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  51.85 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 207 aa  181  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  47.98 
 
 		 205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.99 
 
 		 212 aa  177  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 202 aa  177  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 207 aa  175  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  46.7 
 
 		 205 aa  174  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 218 aa  171  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.03 
 
 		 202 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  47.03 
 
 		 202 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  45.96 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  45.45 
 
 		 212 aa  165  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 212 aa  165  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 207 aa  165  5e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  47.21 
 
 		 210 aa  165  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.92 
 
 		 208 aa  164  8e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 208 aa  164  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  47.52 
 
 		 210 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  47.21 
 
 		 210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 214 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.52 
 
 		 211 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.52 
 
 		 211 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 214 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 214 aa  161  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  45.13 
 
 		 208 aa  160  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  46.32 
 
 		 202 aa  160  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.92 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  44.21 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 216 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  44.62 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  44.72 
 
 		 215 aa  159  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 214 aa  159  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 209 aa  158  6e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  44.33 
 
 		 211 aa  155  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  39.22 
 
 		 208 aa  155  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  43.43 
 
 		 198 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.27 
 
 		 222 aa  154  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 229 aa  154  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.22 
 
 		 201 aa  153  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.22 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4829  response regulator receiver protein  45.81 
 
 		 209 aa  153  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.352064  normal  0.347274 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 206 aa  151  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 213 aa  151  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0846  two component LuxR family transcriptional regulator  44.61 
 
 		 209 aa  151  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1500  Signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  43.9 
 
 		 1483 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 204 aa  151  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4653  two component LuxR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 213 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 201 aa  149  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 217 aa  149  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  42.13 
 
 		 216 aa  148  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2884  two component LuxR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 229 aa  148  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.538425 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3199  two component LuxR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 214 aa  148  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4961  two component LuxR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 214 aa  148  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373586  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.21 
 
 		 228 aa  148  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.97 
 
 		 212 aa  148  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  45.36 
 
 		 211 aa  147  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  41.05 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>