103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05473 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05473  hypothetical protein  100 
 
 		 200 aa  410  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1224  hypothetical protein  38.67 
 
 		 302 aa  128  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  36.05 
 
 		 729 aa  53.1  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  29.36 
 
 		 678 aa  52.4  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  34.78 
 
 		 716 aa  51.6  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  34.78 
 
 		 716 aa  51.2  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  38.16 
 
 		 510 aa  51.2  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 425 aa  50.8  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  35.11 
 
 		 1092 aa  50.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  26.9 
 
 		 584 aa  49.3  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  42.68 
 
 		 725 aa  48.9  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 1080 aa  48.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  32.62 
 
 		 716 aa  48.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2661  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 226 aa  48.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.36546 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  36.17 
 
 		 1089 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  36.17 
 
 		 1089 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  36.17 
 
 		 1075 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 1075 aa  47.8  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.53 
 
 		 413 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 1063 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 1075 aa  47.8  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  31.53 
 
 		 413 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  31.53 
 
 		 413 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 1092 aa  47.8  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 262 aa  47  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 1074 aa  46.6  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.7 
 
 		 244 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.39 
 
 		 945 aa  46.6  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  29.47 
 
 		 436 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  37.84 
 
 		 1067 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  33.62 
 
 		 396 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  35.71 
 
 		 250 aa  45.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  31.9 
 
 		 396 aa  45.4  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 219 aa  45.1  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.57 
 
 		 512 aa  44.7  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  28.57 
 
 		 580 aa  44.3  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6013  two component transcriptional regulator  29.21 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2064  two component transcriptional regulator  29.21 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410384  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  24.43 
 
 		 409 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  23.85 
 
 		 525 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2083  winged helix family two component response transcriptional regulator  29.21 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 948 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.1 
 
 		 237 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.18 
 
 		 522 aa  44.7  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.69 
 
 		 263 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  25.58 
 
 		 717 aa  43.5  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.07 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  30.11 
 
 		 272 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  38.03 
 
 		 279 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  30.34 
 
 		 520 aa  43.5  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  31.19 
 
 		 772 aa  43.9  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  32 
 
 		 542 aa  43.9  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.95 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  33.33 
 
 		 512 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  28.18 
 
 		 507 aa  43.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.35 
 
 		 323 aa  43.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  34.83 
 
 		 435 aa  43.1  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  28.7 
 
 		 373 aa  43.1  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  31.4 
 
 		 240 aa  43.1  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1263  two component transcriptional regulator  28.43 
 
 		 256 aa  42.4  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.04 
 
 		 522 aa  42.7  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 541 aa  42.7  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  36.71 
 
 		 290 aa  42.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.4 
 
 		 240 aa  42.7  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.4 
 
 		 240 aa  42.7  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.47 
 
 		 1102 aa  42.4  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2100  two component transcriptional regulator  27.96 
 
 		 221 aa  42.4  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1970  two component transcriptional regulator  27.96 
 
 		 221 aa  42.4  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0400579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  25.6 
 
 		 504 aa  42  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  27.62 
 
 		 521 aa  42.4  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  28.7 
 
 		 961 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2789  winged helix family two component transcriptional regulator  28.43 
 
 		 256 aa  42  0.006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2898  cholera toxin transcriptional activator-like protein  35.44 
 
 		 282 aa  42  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.398883 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  36.47 
 
 		 714 aa  42  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  37.66 
 
 		 229 aa  42  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1192  DNA-binding response regulator  31.96 
 
 		 229 aa  41.6  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00982401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1020  DNA-binding response regulator  31.96 
 
 		 229 aa  42  0.007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028316  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.76 
 
 		 240 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.76 
 
 		 240 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.76 
 
 		 240 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.76 
 
 		 240 aa  41.6  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  27.85 
 
 		 479 aa  41.6  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3375  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.74 
 
 		 257 aa  41.6  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2736  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.74 
 
 		 257 aa  41.6  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00867541  hitchhiker  0.0000000494299 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  34.78 
 
 		 1131 aa  41.6  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.76 
 
 		 240 aa  41.6  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1398  DNA-binding response regulator  26.73 
 
 		 246 aa  41.6  0.009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000136334  hitchhiker  8.832960000000001e-24 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2943  two component transcriptional regulator  28 
 
 		 232 aa  41.6  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.723084  normal  0.121071 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>