70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1500 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 279 aa  572  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4728  transcriptional regulator, CadC  35.29 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000608596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4726  transcriptional regulator, CadC  25.85 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0273728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4087  transcriptional regulator C  33.98 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4037  transcriptional regulator C  33.98 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.975119  normal  0.932239 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3964  transcriptional regulatory protein C  33.98 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3983  transcriptional regulatory protein, C  33.98 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0842  transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0868  transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4116  transcriptional regulatory protein  30.61 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000375254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3169  transcriptional regulatory protein, C terminal  30.61 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2994  transcriptional regulatory protein, C terminal  30.61 
 
 		 269 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000031675  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4134  transcriptional regulator, CadC  27.66 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.907655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  39.39 
 
 		 711 aa  56.2  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  27.72 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  26.73 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  34.95 
 
 		 658 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1270  putative transcriptional regulator  29.31 
 
 		 270 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.474734 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0827  transcriptional regulator, CadC  32.73 
 
 		 261 aa  52.8  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  30 
 
 		 294 aa  52.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  25 
 
 		 717 aa  52  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1060  putative transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0164  transcriptional regulatory component of sensory transduction system  27.72 
 
 		 151 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00945737  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  28.57 
 
 		 250 aa  49.7  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  27.75 
 
 		 277 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  30.36 
 
 		 696 aa  49.3  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  26.35 
 
 		 756 aa  48.9  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.88 
 
 		 724 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  32.67 
 
 		 725 aa  47.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  29.35 
 
 		 502 aa  46.2  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  32.29 
 
 		 729 aa  45.4  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.95 
 
 		 541 aa  45.4  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  27.59 
 
 		 469 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.97 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  28.89 
 
 		 305 aa  45.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  34.44 
 
 		 515 aa  45.4  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.85 
 
 		 412 aa  44.3  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  28.87 
 
 		 945 aa  44.3  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 348 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3391  two component transcriptional regulator  29.47 
 
 		 227 aa  44.7  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.141218  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  24.65 
 
 		 527 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  34.52 
 
 		 330 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1538  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.9 
 
 		 223 aa  43.9  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.705917  normal  0.0786085 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  30.85 
 
 		 240 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  27.17 
 
 		 502 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  25.49 
 
 		 522 aa  43.5  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4253  putative transcriptional regulator, CadC  27.27 
 
 		 158 aa  43.5  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2540  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  43.1  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0258785  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 348 aa  43.5  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 330 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.34 
 
 		 619 aa  43.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0608  two component transcriptional regulator  33.82 
 
 		 269 aa  43.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.912503  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 235 aa  43.1  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  32.1 
 
 		 235 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  32.35 
 
 		 382 aa  42.7  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 235 aa  43.1  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10143  two-component system response regulator  40 
 
 		 289 aa  42.7  0.007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.304444  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  33.73 
 
 		 330 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0197  transcriptional regulator, putative  26.49 
 
 		 255 aa  42.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2378  response regulator  30.86 
 
 		 235 aa  42.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0847711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 521 aa  42.4  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  33.33 
 
 		 992 aa  42.4  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  34.67 
 
 		 227 aa  42  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  34.67 
 
 		 227 aa  42  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  34.67 
 
 		 227 aa  42  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.59 
 
 		 512 aa  42  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  34.67 
 
 		 227 aa  42  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 224 aa  42.4  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2617  DNA-binding response regulator  32.1 
 
 		 235 aa  42.4  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00078911  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 227 aa  42  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>