44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4728 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_4728  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 256 aa  530  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000608596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4726  transcriptional regulator, CadC  30.04 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0273728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4134  transcriptional regulator, CadC  28.21 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.907655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1500  transcriptional regulator, CadC  27 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0827  transcriptional regulator, CadC  35.85 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4037  transcriptional regulator C  22.61 
 
 		 254 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.975119  normal  0.932239 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4087  transcriptional regulator C  22.61 
 
 		 254 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3964  transcriptional regulatory protein C  22.61 
 
 		 254 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1060  putative transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3983  transcriptional regulatory protein, C  22.61 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0019  hypothetical protein  27.55 
 
 		 147 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.635001 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0019  hypothetical protein  27.55 
 
 		 147 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.975768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0019  hypothetical protein  27.55 
 
 		 147 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0018  hypothetical protein  27.55 
 
 		 147 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.354059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0019  hypothetical protein  27.55 
 
 		 147 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.644907 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0842  transcriptional regulator, CadC  30.69 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0033  hypothetical protein  30.3 
 
 		 149 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.901847  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0031  hypothetical protein  30.3 
 
 		 149 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.119612  normal  0.0428239 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0032  hypothetical protein  30.3 
 
 		 149 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.16727 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4116  transcriptional regulatory protein  30.69 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000375254 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0868  transcriptional regulator, CadC  30.69 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3169  transcriptional regulatory protein, C terminal  30.69 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2994  transcriptional regulatory protein, C terminal  30.69 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000031675  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0032  hypothetical protein  29.29 
 
 		 149 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0693135 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1752  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.44 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101966  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  32 
 
 		 522 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  25.74 
 
 		 290 aa  45.4  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0612  two component transcriptional regulator  32.1 
 
 		 227 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0256131 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 330 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  28.57 
 
 		 294 aa  44.3  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1240  response regulator receiver  32.1 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1211  transcriptional regulator, SARP family  30.38 
 
 		 378 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.705954  normal  0.54501 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  24.1 
 
 		 413 aa  43.9  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  25.74 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0546  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3804  response regulator receiver protein  31.46 
 
 		 222 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0687952  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  29.13 
 
 		 330 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0229  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 227 aa  42.7  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 255 aa  42.7  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  34.95 
 
 		 246 aa  42.4  0.007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1270  putative transcriptional regulator  22.54 
 
 		 270 aa  42.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.474734 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4209  transcriptional regulator, SARP family  29.87 
 
 		 271 aa  42  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.25 
 
 		 227 aa  42  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 330 aa  42  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>