More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1209 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  100 
 
 		 714 aa  1480    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  50.42 
 
 		 716 aa  727    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  61.98 
 
 		 713 aa  907    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  50.7 
 
 		 716 aa  730    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  73.68 
 
 		 715 aa  1103    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  50.42 
 
 		 716 aa  725    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  45.2 
 
 		 700 aa  630  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  53.9 
 
 		 413 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  48.58 
 
 		 262 aa  228  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.59 
 
 		 717 aa  142  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  24.01 
 
 		 729 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.9 
 
 		 725 aa  104  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  21.23 
 
 		 702 aa  100  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  24.09 
 
 		 693 aa  95.5  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  23.16 
 
 		 772 aa  89  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  18.96 
 
 		 774 aa  86.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  22.44 
 
 		 1042 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  22.11 
 
 		 1042 aa  85.5  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  22.2 
 
 		 1040 aa  83.2  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  19.8 
 
 		 712 aa  76.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  27.68 
 
 		 696 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  29.3 
 
 		 642 aa  71.6  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  21.95 
 
 		 678 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  28.29 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  26.18 
 
 		 711 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  21.32 
 
 		 1005 aa  67.8  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.99 
 
 		 430 aa  66.6  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  21.76 
 
 		 590 aa  66.2  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2007  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  27.92 
 
 		 720 aa  66.6  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565221 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.42 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  22.37 
 
 		 691 aa  65.1  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1689  peptidase, putative  36.54 
 
 		 684 aa  64.7  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.163482  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  23.75 
 
 		 499 aa  64.3  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  24.53 
 
 		 1069 aa  64.3  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  21.99 
 
 		 970 aa  63.5  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  23.82 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0612  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  22.22 
 
 		 590 aa  62.8  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.38 
 
 		 518 aa  62  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  26.6 
 
 		 432 aa  62  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  28.08 
 
 		 1014 aa  61.6  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2397  WD40 domain-containing protein  23.36 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000884296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1914  WD40 domain protein beta Propeller  24.07 
 
 		 1060 aa  61.2  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.657093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  23.93 
 
 		 445 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  29.13 
 
 		 451 aa  60.1  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.96 
 
 		 435 aa  59.7  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  25.65 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  26.05 
 
 		 443 aa  59.3  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  28.4 
 
 		 425 aa  59.7  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  23.77 
 
 		 1067 aa  59.3  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  24.73 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  22.74 
 
 		 1060 aa  60.1  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  28.83 
 
 		 436 aa  59.7  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  25.37 
 
 		 1097 aa  58.9  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  31.9 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  25.65 
 
 		 430 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  22.67 
 
 		 1062 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2405  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  22.56 
 
 		 1078 aa  58.5  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.666802  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  25.97 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  24.34 
 
 		 572 aa  58.5  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.21 
 
 		 1059 aa  58.5  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  25.54 
 
 		 435 aa  58.5  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  27.81 
 
 		 434 aa  58.2  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  34.19 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  25.75 
 
 		 450 aa  58.2  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  34.19 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  25.3 
 
 		 449 aa  57.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  28.22 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2614  DNA-binding response regulator  46.27 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000167367 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  34.19 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  25.65 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  34.19 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  22.44 
 
 		 1062 aa  57.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  22.74 
 
 		 1062 aa  57.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  37.97 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.64 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2617  DNA-binding response regulator  46.27 
 
 		 235 aa  57  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00078911  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2378  response regulator  46.27 
 
 		 235 aa  57.4  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0847711  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  24.9 
 
 		 449 aa  57.4  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  21.59 
 
 		 1062 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2655  DNA-binding response regulator  46.27 
 
 		 235 aa  57  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00013766  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  26.79 
 
 		 437 aa  56.2  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  29.92 
 
 		 413 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  23.08 
 
 		 442 aa  56.2  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2754  DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 235 aa  56.2  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000477477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  30.51 
 
 		 414 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3632  tolB protein, putative  25.32 
 
 		 441 aa  56.6  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000231281  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2570  DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 235 aa  56.2  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  27.43 
 
 		 415 aa  56.2  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  29.92 
 
 		 413 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.92 
 
 		 413 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 512 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  31.85 
 
 		 442 aa  56.6  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  24.41 
 
 		 1062 aa  56.2  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  22.44 
 
 		 1062 aa  55.5  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.42 
 
 		 422 aa  55.5  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  27.42 
 
 		 422 aa  55.5  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  24.01 
 
 		 1081 aa  55.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  27.59 
 
 		 441 aa  55.5  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.46 
 
 		 512 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  32.46 
 
 		 512 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>