More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2965 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  50.07 
 
 		 715 aa  709    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  86.2 
 
 		 413 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  85.34 
 
 		 716 aa  1290    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  48.61 
 
 		 713 aa  706    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  50.7 
 
 		 714 aa  730    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  98.46 
 
 		 716 aa  1464    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 716 aa  1484    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  43.77 
 
 		 700 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  79.92 
 
 		 262 aa  421  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.55 
 
 		 717 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  23.77 
 
 		 774 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  21.85 
 
 		 729 aa  95.5  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.43 
 
 		 696 aa  92  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0554  putative transcriptional regulator, CadC  20.94 
 
 		 702 aa  92.4  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  20.43 
 
 		 693 aa  84.3  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  29.76 
 
 		 572 aa  77.4  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  20.59 
 
 		 712 aa  73.9  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  21.97 
 
 		 1042 aa  71.2  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  25.38 
 
 		 1014 aa  70.5  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  27.45 
 
 		 567 aa  70.5  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  22.22 
 
 		 1040 aa  70.5  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  22.06 
 
 		 1042 aa  69.7  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  23.37 
 
 		 416 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.71 
 
 		 725 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.33 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  23.13 
 
 		 1005 aa  67.4  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  23.39 
 
 		 970 aa  67  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  24.04 
 
 		 449 aa  66.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.27 
 
 		 298 aa  66.6  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.11 
 
 		 1028 aa  65.1  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.45 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  29.91 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  24 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  23.25 
 
 		 772 aa  63.9  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  29.06 
 
 		 433 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  29.06 
 
 		 423 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  29.06 
 
 		 423 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  26.09 
 
 		 443 aa  63.9  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  25.46 
 
 		 428 aa  63.2  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  25.53 
 
 		 427 aa  62.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  22.7 
 
 		 450 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  26.09 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  25.17 
 
 		 642 aa  63.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  39.76 
 
 		 615 aa  62.4  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  29.06 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  27 
 
 		 354 aa  62  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  23.48 
 
 		 434 aa  62  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  28.65 
 
 		 446 aa  62.4  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.25 
 
 		 444 aa  62  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  23.66 
 
 		 432 aa  62  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  29.37 
 
 		 432 aa  62  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  22.35 
 
 		 446 aa  62  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  23.91 
 
 		 445 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  29.77 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1611  hypothetical protein  22.54 
 
 		 656 aa  60.8  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  23.02 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  29.37 
 
 		 433 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  23.96 
 
 		 461 aa  60.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  29.37 
 
 		 433 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  22.41 
 
 		 1090 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.29 
 
 		 429 aa  60.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  23.33 
 
 		 419 aa  60.1  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  25.46 
 
 		 976 aa  60.1  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  26.96 
 
 		 518 aa  60.1  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  27.78 
 
 		 450 aa  59.3  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  22.28 
 
 		 451 aa  60.1  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  22.81 
 
 		 443 aa  58.9  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  24.14 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  20.21 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.82 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  34.58 
 
 		 1092 aa  59.3  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  21.46 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  24.13 
 
 		 457 aa  59.3  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  24.17 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  23.87 
 
 		 446 aa  58.5  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  29.63 
 
 		 439 aa  58.2  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  25 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.02 
 
 		 277 aa  58.2  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  22.15 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  28.46 
 
 		 430 aa  58.2  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  25.94 
 
 		 1010 aa  58.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  28.04 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  24.58 
 
 		 453 aa  57.8  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  22.22 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  20.22 
 
 		 691 aa  57.8  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  22.05 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  48.28 
 
 		 499 aa  57.4  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  22.05 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  24.26 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  22.49 
 
 		 441 aa  57  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 1075 aa  57  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  32.62 
 
 		 440 aa  56.6  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  23.72 
 
 		 445 aa  57.4  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  26.98 
 
 		 469 aa  57  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.11 
 
 		 667 aa  57.4  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  28.19 
 
 		 450 aa  57.4  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  23.5 
 
 		 441 aa  57  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1063 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.51 
 
 		 1075 aa  57  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  28.04 
 
 		 432 aa  57  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>