More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1312 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  100 
 
 		 413 aa  853    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  86.2 
 
 		 716 aa  746    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  86.2 
 
 		 716 aa  748    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  87.65 
 
 		 716 aa  758    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  53.9 
 
 		 714 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  51.71 
 
 		 715 aa  450  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  51.58 
 
 		 713 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  43.83 
 
 		 700 aa  359  6e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.69 
 
 		 717 aa  99.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  30.73 
 
 		 572 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  28.43 
 
 		 567 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.35 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.82 
 
 		 428 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2492  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  23.85 
 
 		 970 aa  67  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.44 
 
 		 407 aa  67  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  25.56 
 
 		 428 aa  66.2  0.0000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  24.3 
 
 		 446 aa  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  27.15 
 
 		 1014 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  26.29 
 
 		 427 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  29.63 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  23.5 
 
 		 449 aa  64.3  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  22.18 
 
 		 450 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.3 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  24.88 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  39.02 
 
 		 615 aa  63.5  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  24.78 
 
 		 443 aa  63.5  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  28.66 
 
 		 457 aa  63.5  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  27.17 
 
 		 443 aa  63.2  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.3 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  28.57 
 
 		 432 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  27.17 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  26.42 
 
 		 438 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 423 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.06 
 
 		 430 aa  62  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  29.82 
 
 		 423 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  22.31 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  22.31 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  30.43 
 
 		 440 aa  60.8  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  24.19 
 
 		 445 aa  60.8  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  23.96 
 
 		 450 aa  60.8  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  25.82 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  25.82 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  26.44 
 
 		 416 aa  60.5  0.00000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  22.85 
 
 		 446 aa  60.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  25.82 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  25.82 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  25.82 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  27.97 
 
 		 430 aa  60.1  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 443 aa  60.5  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  26.39 
 
 		 1005 aa  60.1  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  24.02 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  35.95 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.57 
 
 		 444 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  31.63 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  25.99 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  29.31 
 
 		 440 aa  59.7  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  24.18 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  23.76 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.74 
 
 		 1028 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  25.17 
 
 		 469 aa  59.3  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  26.71 
 
 		 450 aa  58.9  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  27.03 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  50 
 
 		 499 aa  58.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.56 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  25.31 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  21.33 
 
 		 461 aa  58.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  21.86 
 
 		 451 aa  58.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0966  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  25 
 
 		 976 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000198927  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  21.74 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  25.27 
 
 		 430 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  24.04 
 
 		 445 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  27.59 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  27.59 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  28.04 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  24 
 
 		 1042 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  27.57 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  21.2 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  28.43 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  24.16 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  22.78 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  23.66 
 
 		 774 aa  58.2  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  27.44 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  27.37 
 
 		 772 aa  57.8  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  47.37 
 
 		 969 aa  57.4  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  21.22 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3242  Fibronectin type III domain protein  27.03 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.643664  normal  0.636807 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.22 
 
 		 1059 aa  57.4  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  23.83 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.18 
 
 		 446 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  28.71 
 
 		 439 aa  57  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  24.04 
 
 		 434 aa  57  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>