More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2041 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  100 
 
 		 277 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2220  WD40 domain protein beta Propeller  70.65 
 
 		 275 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661774  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2002  WD40 domain protein beta Propeller  68.95 
 
 		 276 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1429  tol biopolymer transport system, periplasmic protein  51.28 
 
 		 313 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.435538  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0249  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  48.9 
 
 		 497 aa  271  1e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  46.93 
 
 		 296 aa  257  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2806  WD40 domain protein beta Propeller  46.32 
 
 		 509 aa  256  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4330  WD40 domain-containing protein  44.72 
 
 		 518 aa  238  6.999999999999999e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.94095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1912  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  41.09 
 
 		 512 aa  236  4e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.722896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04330  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  41.05 
 
 		 408 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0570  hypothetical protein  38.16 
 
 		 314 aa  158  8e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0247  hypothetical protein  35.21 
 
 		 294 aa  152  4e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0475  hypothetical protein  29.94 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  31.79 
 
 		 437 aa  89.7  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  31.16 
 
 		 427 aa  88.6  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  32.47 
 
 		 567 aa  85.9  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  29.65 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  25.65 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  34.4 
 
 		 443 aa  82.8  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  31.55 
 
 		 1010 aa  82  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  30.15 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  30.29 
 
 		 1005 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  30.3 
 
 		 438 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  29.85 
 
 		 445 aa  79.7  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  32.2 
 
 		 469 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  31.79 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  27.5 
 
 		 572 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  27.27 
 
 		 421 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.5 
 
 		 430 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  28.74 
 
 		 717 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  26.82 
 
 		 454 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  29.52 
 
 		 1059 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  28.36 
 
 		 403 aa  77  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  29.03 
 
 		 421 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  30.3 
 
 		 432 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 426 aa  76.3  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  28.79 
 
 		 435 aa  76.3  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  30.77 
 
 		 450 aa  76.3  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  28.25 
 
 		 1028 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  26.74 
 
 		 461 aa  75.5  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  36.03 
 
 		 427 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  29.68 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  28.36 
 
 		 436 aa  75.5  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 436 aa  74.3  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  28.57 
 
 		 450 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  26.36 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  29.68 
 
 		 440 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  30.17 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  28.14 
 
 		 441 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  27.36 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  27.85 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1253  TolB periplasmic receptor  30.1 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0142198  normal  0.831456 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  27.86 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4531  serine/threonine protein kinase  25.21 
 
 		 646 aa  73.2  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.114343  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  29.76 
 
 		 446 aa  73.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.42 
 
 		 442 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  27.36 
 
 		 430 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  25.58 
 
 		 451 aa  72.4  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  30.95 
 
 		 450 aa  72  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  31.94 
 
 		 427 aa  72  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  32.26 
 
 		 434 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1133  TolB-like  29.59 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  29.9 
 
 		 457 aa  72  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  29.34 
 
 		 615 aa  71.2  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  28.57 
 
 		 362 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.14 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  30.36 
 
 		 441 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  31.61 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  30.95 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  27.78 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  29.23 
 
 		 436 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  28.91 
 
 		 444 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  28.43 
 
 		 437 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  29.75 
 
 		 408 aa  70.1  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  27.18 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  23.64 
 
 		 428 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  27.89 
 
 		 642 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  23.96 
 
 		 442 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.17 
 
 		 429 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  31.61 
 
 		 434 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.29 
 
 		 407 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  27.62 
 
 		 453 aa  70.1  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  30.41 
 
 		 450 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  25.93 
 
 		 1069 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  27.5 
 
 		 423 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.14 
 
 		 446 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  27.93 
 
 		 434 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  27.14 
 
 		 446 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  27.98 
 
 		 435 aa  69.3  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  27.5 
 
 		 423 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  27 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  27 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  25.91 
 
 		 1066 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  28.08 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.57 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.61 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  29.73 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  27.03 
 
 		 445 aa  67.8  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  27.8 
 
 		 444 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>