More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0249 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0249  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  100 
 
 		 497 aa  1008    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1912  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  57.47 
 
 		 512 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.722896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2806  WD40 domain protein beta Propeller  55.62 
 
 		 509 aa  588  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4330  WD40 domain-containing protein  52.12 
 
 		 518 aa  548  1e-155  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.94095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  59.71 
 
 		 296 aa  320  3.9999999999999996e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1429  tol biopolymer transport system, periplasmic protein  52.82 
 
 		 313 aa  317  4e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.435538  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  48.9 
 
 		 277 aa  270  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2220  WD40 domain protein beta Propeller  49.82 
 
 		 275 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661774  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2002  WD40 domain protein beta Propeller  49.82 
 
 		 276 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04330  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  43.81 
 
 		 408 aa  193  6e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0247  hypothetical protein  39.49 
 
 		 294 aa  167  4e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0570  hypothetical protein  37.68 
 
 		 314 aa  163  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0475  hypothetical protein  36.29 
 
 		 341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1913  hypothetical protein  32.23 
 
 		 215 aa  120  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.909317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  43.75 
 
 		 426 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  42.52 
 
 		 451 aa  100  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.81 
 
 		 428 aa  97.8  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  40.65 
 
 		 461 aa  94.7  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.08 
 
 		 442 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  45.79 
 
 		 429 aa  94.7  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  39.23 
 
 		 438 aa  94.4  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  29.03 
 
 		 446 aa  93.6  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  29.09 
 
 		 434 aa  93.2  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  38.28 
 
 		 443 aa  92  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  38.28 
 
 		 440 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  34.57 
 
 		 454 aa  92.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  39.06 
 
 		 421 aa  92.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.73 
 
 		 442 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  39.06 
 
 		 441 aa  91.3  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  39.06 
 
 		 408 aa  90.9  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  31.4 
 
 		 403 aa  90.5  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  26.98 
 
 		 450 aa  90.5  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  31.03 
 
 		 425 aa  90.5  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  28.2 
 
 		 435 aa  90.5  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  34.46 
 
 		 427 aa  90.1  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  30.09 
 
 		 436 aa  89.4  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  28.64 
 
 		 434 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  29.91 
 
 		 443 aa  88.6  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  27.99 
 
 		 442 aa  88.6  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  26.47 
 
 		 1097 aa  88.2  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  31.6 
 
 		 445 aa  87.4  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  26.61 
 
 		 442 aa  87.4  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  26.61 
 
 		 442 aa  87.4  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  26.61 
 
 		 442 aa  87.4  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  26.61 
 
 		 442 aa  87.4  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  29.78 
 
 		 432 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  28.19 
 
 		 439 aa  86.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  32 
 
 		 444 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  30.94 
 
 		 444 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  29.65 
 
 		 717 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  30.94 
 
 		 444 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  35.14 
 
 		 427 aa  85.1  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  31.08 
 
 		 441 aa  84.3  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  26.73 
 
 		 442 aa  84  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  29.55 
 
 		 446 aa  83.6  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2318  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 		 671 aa  82.8  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.202041  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  42.28 
 
 		 436 aa  82.8  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  27.76 
 
 		 428 aa  83.2  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  27.62 
 
 		 440 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  26.56 
 
 		 441 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  30.39 
 
 		 437 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  28.18 
 
 		 441 aa  82.4  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  26.02 
 
 		 442 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  31.46 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  29.95 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  26.42 
 
 		 441 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  25.77 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  25.77 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  29.69 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  25.77 
 
 		 442 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  27.41 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.6 
 
 		 446 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  35.71 
 
 		 567 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  30.61 
 
 		 1005 aa  79.7  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.6 
 
 		 446 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  29.28 
 
 		 316 aa  79.7  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.05 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  31.66 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  30.77 
 
 		 429 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  27.96 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.66 
 
 		 422 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.88 
 
 		 407 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  30.38 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.6 
 
 		 446 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3729  WD40 domain protein beta Propeller  34.92 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.135548  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  25.75 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  40.78 
 
 		 431 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  25.24 
 
 		 442 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1458  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  45.98 
 
 		 367 aa  77  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0940503  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  26.58 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  36.44 
 
 		 438 aa  76.6  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  38.83 
 
 		 431 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  27.03 
 
 		 428 aa  76.6  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  39.81 
 
 		 431 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  39.81 
 
 		 431 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  39.81 
 
 		 431 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  35.53 
 
 		 1069 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  38.83 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  28.64 
 
 		 440 aa  75.9  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  37.86 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>