More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0859 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0859  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  100 
 
 		 296 aa  609  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0249  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  59.71 
 
 		 497 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1429  tol biopolymer transport system, periplasmic protein  49.64 
 
 		 313 aa  296  2e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.435538  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2806  WD40 domain protein beta Propeller  49.26 
 
 		 509 aa  289  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1912  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  46.89 
 
 		 512 aa  276  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.722896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4330  WD40 domain-containing protein  47.7 
 
 		 518 aa  258  9e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.94095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2041  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  46.93 
 
 		 277 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2220  WD40 domain protein beta Propeller  47.1 
 
 		 275 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661774  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2002  WD40 domain protein beta Propeller  46.38 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04330  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  43.01 
 
 		 408 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0247  hypothetical protein  38.41 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0570  hypothetical protein  38.01 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0475  hypothetical protein  36.45 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  28.29 
 
 		 451 aa  94.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  37.5 
 
 		 461 aa  94.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  29.11 
 
 		 436 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  28.63 
 
 		 642 aa  92.4  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  34.84 
 
 		 1005 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  31.2 
 
 		 427 aa  92  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  27.3 
 
 		 454 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  36.24 
 
 		 435 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  37.58 
 
 		 446 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  36.49 
 
 		 403 aa  89.7  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.33 
 
 		 446 aa  89.7  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  38.51 
 
 		 450 aa  89.4  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  35.81 
 
 		 436 aa  88.6  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  36.55 
 
 		 426 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  34.9 
 
 		 415 aa  87  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  34.9 
 
 		 434 aa  86.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  28.34 
 
 		 441 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  35.57 
 
 		 432 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  34.01 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  34.9 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.02 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  28.74 
 
 		 442 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  35.17 
 
 		 438 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  30.69 
 
 		 567 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  35.17 
 
 		 440 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  35.17 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  25.58 
 
 		 717 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  27.94 
 
 		 442 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  27.94 
 
 		 442 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  27.35 
 
 		 427 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  35.14 
 
 		 430 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  27.94 
 
 		 442 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  27.94 
 
 		 442 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  34.46 
 
 		 430 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  36.55 
 
 		 429 aa  82.4  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  28 
 
 		 442 aa  82  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  34.16 
 
 		 441 aa  82  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  35.57 
 
 		 430 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  36.49 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  27.53 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  31.25 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  27.53 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  27.53 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  30.06 
 
 		 450 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  28.05 
 
 		 442 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  35.17 
 
 		 441 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  35.81 
 
 		 431 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  29.15 
 
 		 440 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  30.86 
 
 		 450 aa  80.9  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  28.05 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  33.1 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0592  TolB-like protein  35.27 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  35.81 
 
 		 431 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  33.79 
 
 		 421 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  35.14 
 
 		 431 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  35.81 
 
 		 431 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  35.14 
 
 		 431 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  28.43 
 
 		 424 aa  80.1  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  27.24 
 
 		 442 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 451 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  28.05 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  26.02 
 
 		 430 aa  79.3  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 442 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  30.11 
 
 		 428 aa  79.3  0.00000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  27.18 
 
 		 439 aa  79  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  34.69 
 
 		 408 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  29.76 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  27.66 
 
 		 615 aa  78.6  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  26.58 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  26.96 
 
 		 572 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.18 
 
 		 444 aa  78.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  27.83 
 
 		 1014 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  26.98 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  24.16 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  29.15 
 
 		 441 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  35.14 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  27.46 
 
 		 969 aa  78.2  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  36.55 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  27.24 
 
 		 442 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  26.34 
 
 		 437 aa  76.6  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  31.72 
 
 		 437 aa  76.6  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3729  WD40 domain protein beta Propeller  27.89 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.135548  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  25.42 
 
 		 1069 aa  77  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  26.34 
 
 		 440 aa  76.6  0.0000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.13 
 
 		 430 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  28.99 
 
 		 440 aa  76.3  0.0000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  32.65 
 
 		 463 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>