107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3795 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 325 aa  668    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  43.48 
 
 		 308 aa  251  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  38.68 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  35.76 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  43.24 
 
 		 256 aa  97.1  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 270 aa  90.5  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  41.44 
 
 		 256 aa  89.7  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  42.35 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  38.54 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  31.91 
 
 		 527 aa  64.3  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  28.7 
 
 		 425 aa  60.8  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 591 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  36.47 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  26.61 
 
 		 521 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  24.3 
 
 		 522 aa  56.2  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0092  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.170556  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  36.26 
 
 		 658 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 591 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  31.18 
 
 		 580 aa  53.5  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  25 
 
 		 521 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  22.86 
 
 		 413 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  22.86 
 
 		 413 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  22.86 
 
 		 413 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  34.25 
 
 		 520 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 1001 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 584 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 518 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  30 
 
 		 711 aa  50.4  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  31.11 
 
 		 1010 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  23.08 
 
 		 950 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1629  multi-component transcriptional regulator  25.64 
 
 		 613 aa  49.7  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.703021  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.67 
 
 		 522 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.67 
 
 		 601 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.67 
 
 		 601 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  23.53 
 
 		 1080 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  38.67 
 
 		 601 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  33.33 
 
 		 543 aa  49.3  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 764 aa  48.1  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  42.31 
 
 		 565 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  31.58 
 
 		 1122 aa  47  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.08 
 
 		 1063 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  23.08 
 
 		 1075 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  22.92 
 
 		 436 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  23.08 
 
 		 1075 aa  46.2  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  23.53 
 
 		 1067 aa  46.2  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1649  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 		 550 aa  46.2  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.181327  normal  0.670777 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  23.53 
 
 		 1089 aa  45.8  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.84 
 
 		 226 aa  46.2  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  26.47 
 
 		 396 aa  46.2  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1607  response regulator receiver domain-containing protein  35.8 
 
 		 186 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  22.83 
 
 		 409 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  26.5 
 
 		 382 aa  45.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1213  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.25 
 
 		 223 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  23.53 
 
 		 1089 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 973 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  23.53 
 
 		 1075 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  27 
 
 		 396 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  26.15 
 
 		 413 aa  44.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  24.58 
 
 		 724 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0335  two component transcriptional regulator  27.17 
 
 		 222 aa  44.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000018466  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 		 925 aa  45.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3181  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.47 
 
 		 225 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2376  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.71 
 
 		 1407 aa  44.3  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1643  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 200 aa  44.3  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.831648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 618 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0655  two component transcriptional regulator  32.58 
 
 		 246 aa  44.3  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0079  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 238 aa  44.3  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  30 
 
 		 972 aa  43.9  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1746  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  44.3  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000480188  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  29.21 
 
 		 1014 aa  44.3  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0418  two-component system response regulator  28.26 
 
 		 221 aa  44.3  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.815166  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0804  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 246 aa  44.3  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  29.9 
 
 		 458 aa  43.9  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4637  DNA-binding response regulator  29.35 
 
 		 222 aa  43.9  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  32.65 
 
 		 287 aa  43.9  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2306  histidine kinase  26.47 
 
 		 479 aa  43.9  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.808548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 458 aa  43.9  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 458 aa  43.9  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 458 aa  43.9  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  35.63 
 
 		 225 aa  43.5  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  23 
 
 		 531 aa  43.5  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  32.89 
 
 		 921 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  24 
 
 		 799 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.77 
 
 		 234 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  32.98 
 
 		 244 aa  43.1  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  25 
 
 		 246 aa  43.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1099  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 241 aa  43.1  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000014675  normal  0.683329 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  33.77 
 
 		 250 aa  43.1  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.32 
 
 		 635 aa  43.1  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  24.32 
 
 		 635 aa  43.1  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 330 aa  42.7  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 877 aa  42.7  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  27.91 
 
 		 238 aa  42.7  0.008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  22.69 
 
 		 1092 aa  42.7  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 966 aa  42.7  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 458 aa  42.7  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  27 
 
 		 396 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  29.41 
 
 		 230 aa  42.4  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 493 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>