More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3088 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 574 aa  1147    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  24.91 
 
 		 527 aa  89.4  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  47.37 
 
 		 188 aa  87  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  24.69 
 
 		 425 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  25.59 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  24.33 
 
 		 522 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.95 
 
 		 664 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4439  Tetratricopeptide TPR_4  32.88 
 
 		 715 aa  67.4  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  30.07 
 
 		 521 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 		 4079 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  37.07 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  37.07 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  37.07 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  26.07 
 
 		 543 aa  65.1  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  29.33 
 
 		 522 aa  65.1  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 		 3560 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  24.76 
 
 		 667 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  25.84 
 
 		 620 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  32.32 
 
 		 711 aa  63.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1451  TPR repeat-containing protein  30.32 
 
 		 244 aa  63.5  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.346129  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1065  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 740 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  24.2 
 
 		 508 aa  62.4  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  38.61 
 
 		 584 aa  62  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0308  TPR repeat-containing protein  36.92 
 
 		 636 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4508  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.93 
 
 		 836 aa  60.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.885776 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  22.22 
 
 		 878 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  32.03 
 
 		 481 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 712 aa  59.7  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 521 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  35.9 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0308  two component transcriptional regulator  37.37 
 
 		 239 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 		 713 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  26.51 
 
 		 620 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 		 3035 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  29.61 
 
 		 531 aa  58.9  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.48 
 
 		 810 aa  57.4  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1005  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000255449  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  35.29 
 
 		 717 aa  57  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 518 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  38 
 
 		 1020 aa  57  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  33.94 
 
 		 409 aa  57  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0280  TPR domain-containing protein  25.68 
 
 		 1013 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.416311 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0525  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  27.52 
 
 		 880 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3265  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.48 
 
 		 245 aa  56.6  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.45002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.31 
 
 		 512 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  38.89 
 
 		 436 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2232  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.3 
 
 		 227 aa  56.6  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.326614  normal  0.43086 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1208  phosphate regulon response regulator PhoB  35.71 
 
 		 233 aa  55.8  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.59 
 
 		 512 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  35 
 
 		 396 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3253  two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 229 aa  55.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  25.99 
 
 		 1676 aa  55.8  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  30.57 
 
 		 652 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 468 aa  55.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  31.96 
 
 		 977 aa  55.1  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.15 
 
 		 818 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.15 
 
 		 784 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.05 
 
 		 514 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2091  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.55 
 
 		 212 aa  54.7  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3201  TPR repeat-containing protein  29.93 
 
 		 955 aa  54.7  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0757905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.74 
 
 		 512 aa  55.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  28.38 
 
 		 465 aa  55.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1793  TPR repeat-containing protein  28.25 
 
 		 213 aa  54.7  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.05 
 
 		 514 aa  55.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1406 aa  55.1  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.05 
 
 		 514 aa  54.3  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.05 
 
 		 514 aa  54.3  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  31.43 
 
 		 772 aa  54.7  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3596  two component transcriptional regulator  37.18 
 
 		 230 aa  54.7  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 1080 aa  54.7  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  27.59 
 
 		 512 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 1075 aa  54.3  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  28.49 
 
 		 566 aa  54.3  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3507  protein prenyltransferase, alpha subunit  26.67 
 
 		 1007 aa  54.3  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.223985 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.59 
 
 		 512 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.1 
 
 		 1063 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 1075 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  27.59 
 
 		 512 aa  54.3  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  27.59 
 
 		 512 aa  54.3  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  27.59 
 
 		 512 aa  54.3  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.35 
 
 		 263 aa  54.3  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  35.35 
 
 		 396 aa  53.5  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  35.35 
 
 		 396 aa  53.9  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  37.76 
 
 		 229 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  36.46 
 
 		 229 aa  53.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  37.76 
 
 		 229 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  25.62 
 
 		 927 aa  53.1  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0564  TPR repeat-containing protein  27.32 
 
 		 202 aa  53.5  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.151741 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  27.67 
 
 		 729 aa  53.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3533  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  29.03 
 
 		 742 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  37.76 
 
 		 229 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  25.76 
 
 		 643 aa  53.1  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  36.46 
 
 		 230 aa  53.1  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  36.46 
 
 		 229 aa  53.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.02 
 
 		 231 aa  53.1  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  37.76 
 
 		 229 aa  53.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  23.75 
 
 		 631 aa  53.5  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3330  TPR repeat-containing protein  26.25 
 
 		 1038 aa  53.5  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>