More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0046 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0046  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  461  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2281  two-component transcriptional regulator  78.02 
 
 		 235 aa  367  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0956  two component transcriptional regulator  77.16 
 
 		 235 aa  364  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.357771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2215  two component transcriptional regulator  77.16 
 
 		 235 aa  363  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4014  two component transcriptional regulator  76.5 
 
 		 234 aa  360  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0111  two component transcriptional regulator  73.04 
 
 		 239 aa  337  8e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0224  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.67 
 
 		 243 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2270  two component transcriptional regulator  44.78 
 
 		 244 aa  198  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4261  DNA-binding response regulator  43.16 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3280  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3588  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 234 aa  188  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  43.59 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  44.4 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.25 
 
 		 259 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  43.81 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 242 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 245 aa  171  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  38.82 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 242 aa  169  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  41 
 
 		 245 aa  168  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  37.39 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 232 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.86 
 
 		 248 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  40.59 
 
 		 244 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 239 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  38.08 
 
 		 245 aa  165  5e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  40.25 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.22 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  39.22 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.86 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.5 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 240 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  38.08 
 
 		 245 aa  162  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 238 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  37.18 
 
 		 244 aa  162  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.36 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  39.15 
 
 		 238 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 236 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  38.56 
 
 		 238 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 237 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 251 aa  159  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  38.56 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 261 aa  158  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 236 aa  157  9e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.08 
 
 		 246 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.14 
 
 		 239 aa  157  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  35.02 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1669  DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.501573  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0746  DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0713  DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 238 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0602  DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 245 aa  155  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  38.72 
 
 		 238 aa  155  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  36.6 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2023  DNA-binding response regulator  36.6 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485022  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  36.6 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 234 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.63 
 
 		 240 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.93 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  37.55 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  36.17 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 240 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.97 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 240 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.58 
 
 		 263 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 243 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.6 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  35.47 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  32.91 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.79 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  37.33 
 
 		 230 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 246 aa  151  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 246 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 246 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  39.11 
 
 		 255 aa  151  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  36.17 
 
 		 246 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.17 
 
 		 246 aa  151  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 240 aa  151  8.999999999999999e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>