66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2661 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2661  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 541 aa  1110    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000865937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3629  putative transcriptional regulator, CadC  27.81 
 
 		 501 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.375084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  27.27 
 
 		 604 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0530  hypothetical protein  24.78 
 
 		 403 aa  59.3  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  32.98 
 
 		 188 aa  58.5  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  29.03 
 
 		 479 aa  57.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  31.68 
 
 		 425 aa  57  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  34.57 
 
 		 522 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.04 
 
 		 523 aa  56.2  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2927  hypothetical protein  23.85 
 
 		 405 aa  55.1  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  30.93 
 
 		 711 aa  54.7  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0871  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.12 
 
 		 214 aa  54.3  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  32.61 
 
 		 693 aa  54.3  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  30.21 
 
 		 717 aa  53.9  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  31.87 
 
 		 543 aa  53.9  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3284  transcriptional regulator, CadC  26.67 
 
 		 584 aa  52.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.58115 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  31.63 
 
 		 762 aa  52.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 973 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 973 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  28.72 
 
 		 756 aa  51.2  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 1020 aa  51.2  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  29.11 
 
 		 691 aa  50.8  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 502 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.06 
 
 		 542 aa  50.8  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 712 aa  50.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 493 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  36.05 
 
 		 956 aa  49.7  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  33 
 
 		 725 aa  49.3  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  32.18 
 
 		 504 aa  49.3  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  27.27 
 
 		 522 aa  49.7  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  28.26 
 
 		 948 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  28.26 
 
 		 948 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 493 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  34.25 
 
 		 531 aa  48.5  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 493 aa  48.5  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 973 aa  48.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  27.84 
 
 		 502 aa  48.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  33.77 
 
 		 396 aa  47.4  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 946 aa  47.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.67 
 
 		 514 aa  47.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  30.67 
 
 		 395 aa  47.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.67 
 
 		 514 aa  47.4  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.67 
 
 		 514 aa  47  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  24.27 
 
 		 522 aa  47  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.67 
 
 		 514 aa  47  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  28.74 
 
 		 1014 aa  47  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  30.4 
 
 		 580 aa  46.2  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  35 
 
 		 541 aa  46.2  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  26.73 
 
 		 521 aa  45.8  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  30.26 
 
 		 277 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  29.03 
 
 		 502 aa  45.8  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.33 
 
 		 512 aa  45.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1875  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.81 
 
 		 183 aa  45.4  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  26.44 
 
 		 481 aa  44.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  29.79 
 
 		 499 aa  44.7  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  31.52 
 
 		 323 aa  45.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2897  transcriptional regulator, CadC  34.29 
 
 		 299 aa  44.3  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3088  transcriptional regulator, CadC  31.65 
 
 		 574 aa  44.3  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.710875  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  28 
 
 		 512 aa  43.9  0.008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  28 
 
 		 512 aa  43.9  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  28 
 
 		 512 aa  43.9  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  28 
 
 		 512 aa  43.9  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  28 
 
 		 512 aa  43.9  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  28 
 
 		 512 aa  43.9  0.008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  28 
 
 		 512 aa  43.5  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.44 
 
 		 243 aa  43.5  0.009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>