46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4467 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 427 aa  888    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  88.29 
 
 		 427 aa  781    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  74.94 
 
 		 427 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  58.78 
 
 		 427 aa  546  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  55.27 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  55.27 
 
 		 427 aa  525  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  55.04 
 
 		 427 aa  521  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  54.57 
 
 		 427 aa  524  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  54.8 
 
 		 427 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  55.27 
 
 		 452 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  54.8 
 
 		 427 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  54.1 
 
 		 427 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  52.98 
 
 		 436 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  53.77 
 
 		 426 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  34.6 
 
 		 413 aa  240  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  29.79 
 
 		 435 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  26.43 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  42.31 
 
 		 277 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  39.18 
 
 		 290 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  30.77 
 
 		 373 aa  51.2  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  44.78 
 
 		 711 aa  50.8  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  39.18 
 
 		 292 aa  50.4  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  35.63 
 
 		 188 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 972 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  40.22 
 
 		 294 aa  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  35.48 
 
 		 604 aa  47  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 493 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 493 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 493 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  36.26 
 
 		 296 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 479 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  41.54 
 
 		 756 aa  44.3  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  37.93 
 
 		 396 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  34.38 
 
 		 510 aa  44.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2268  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.18 
 
 		 221 aa  43.9  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1527  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 214 aa  43.9  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000285155  normal  0.0354846 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2761  transcriptional regulator, CadC  33.64 
 
 		 214 aa  43.9  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2680  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 214 aa  43.9  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00609621  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1823  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.21 
 
 		 241 aa  43.5  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  29.25 
 
 		 580 aa  43.5  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  41.51 
 
 		 508 aa  43.9  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3008  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 220 aa  43.5  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  41.94 
 
 		 522 aa  43.5  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  30.36 
 
 		 396 aa  43.1  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.29 
 
 		 237 aa  43.1  0.009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3214  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 269 aa  43.1  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>