42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_2680 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2761  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1527  transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000285155  normal  0.0354846 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2680  transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  437  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00609621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  26.79 
 
 		 711 aa  52.4  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1093  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.74 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  31.76 
 
 		 604 aa  49.7  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  40.28 
 
 		 427 aa  48.5  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0132  hypothetical protein  34.15 
 
 		 152 aa  48.1  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.52 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  37.14 
 
 		 756 aa  47.8  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0753  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 241 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.407347  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  32.97 
 
 		 294 aa  47.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1310  DNA-binding response regulator  26.88 
 
 		 226 aa  45.8  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0682  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.243903  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0697  response regulator receiver  32 
 
 		 224 aa  44.7  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.156095  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  36 
 
 		 510 aa  43.9  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  36.07 
 
 		 277 aa  43.9  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  29.75 
 
 		 499 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  29 
 
 		 233 aa  43.9  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  33.64 
 
 		 427 aa  43.5  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  31.63 
 
 		 427 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  36.23 
 
 		 762 aa  43.5  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4671  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.292793  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4337  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  43.1  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4173  response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  43.1  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.407882  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4184  response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4519  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  38.67 
 
 		 435 aa  43.5  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3154  two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 235 aa  43.1  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.546688  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.98 
 
 		 243 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4531  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4285  two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 235 aa  42.7  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4572  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 235 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.947729  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1528  two component transcriptional regulator  25.84 
 
 		 224 aa  42.7  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0377  DNA-binding response regulator  32.31 
 
 		 226 aa  42.7  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.306284  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0495  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.29 
 
 		 232 aa  42.4  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  45.83 
 
 		 901 aa  42  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01481  two-component response regulator  32.29 
 
 		 248 aa  41.6  0.008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0655  response regulator  27.91 
 
 		 232 aa  42  0.008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.134395  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  29.55 
 
 		 502 aa  41.6  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  32.88 
 
 		 396 aa  41.6  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  28.4 
 
 		 263 aa  41.6  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>