38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0513 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 427 aa  886    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  83.61 
 
 		 427 aa  745    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  59.48 
 
 		 427 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  59.72 
 
 		 427 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  59.72 
 
 		 427 aa  557  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  59.25 
 
 		 427 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  59.25 
 
 		 427 aa  552  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  58.31 
 
 		 427 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 427 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  59.21 
 
 		 426 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  56.49 
 
 		 436 aa  535  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  56.91 
 
 		 452 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  57.14 
 
 		 427 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  54.57 
 
 		 427 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  33.18 
 
 		 413 aa  229  7e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  28.15 
 
 		 435 aa  171  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  30.77 
 
 		 373 aa  52.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  27.71 
 
 		 214 aa  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2885  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 217 aa  48.5  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.56822 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.67 
 
 		 229 aa  48.9  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 493 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1443  response regulator receiver  35.62 
 
 		 228 aa  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 493 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 493 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  35.16 
 
 		 296 aa  47.8  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2298  winged helix family two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 217 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.359979 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 317 aa  47  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6773  response regulator receiver protein  38.82 
 
 		 215 aa  46.6  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  34.52 
 
 		 277 aa  45.8  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 972 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  37.63 
 
 		 290 aa  45.8  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  36.9 
 
 		 228 aa  44.7  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 229 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  37.63 
 
 		 292 aa  44.3  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  35.9 
 
 		 711 aa  43.9  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  34.15 
 
 		 756 aa  43.9  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6946  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 		 219 aa  43.5  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.383627 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.97 
 
 		 217 aa  43.1  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00296965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>