More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4309 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4309  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  471  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0303  two component transcriptional regulator  95.9 
 
 		 243 aa  428  1e-119  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.523171  normal  0.300284 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  44.93 
 
 		 234 aa  204  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 232 aa  202  5e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.29 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  49.34 
 
 		 231 aa  195  6e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.85 
 
 		 230 aa  195  7e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 		 321 aa  195  7e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.72 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0256  DNA-binding response regulator  39.83 
 
 		 233 aa  191  7e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 227 aa  191  7e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0245  response regulator  39.83 
 
 		 233 aa  191  7e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0271  DNA-binding response regulator  39.83 
 
 		 233 aa  191  7e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.439326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  39.83 
 
 		 233 aa  191  9e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.84 
 
 		 233 aa  191  9e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  39.48 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  39.48 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  39.83 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  46.29 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.75 
 
 		 233 aa  190  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  39.83 
 
 		 233 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.29 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  45.37 
 
 		 226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 235 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  39.39 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1193  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 240 aa  189  5e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.56 
 
 		 230 aa  188  8e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 232 aa  188  8e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.4 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0249  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0382139  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  43.72 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  46.96 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 232 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01511  two-component response regulator  44.98 
 
 		 248 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 235 aa  186  4e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 237 aa  185  7e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  46.05 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 239 aa  184  8e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 239 aa  184  8e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0136  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 248 aa  184  9e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  38.5 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.29 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01621  two-component response regulator  44.54 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.367767  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01531  two-component response regulator  44.98 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  39.38 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  38.94 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.3 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4963  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 232 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4692  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 232 aa  183  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5010  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4745  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4583  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.510578  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4991  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5106  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  45.22 
 
 		 230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 237 aa  181  6e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 237 aa  181  6e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 237 aa  181  6e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 229 aa  181  7e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  43.88 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 233 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09340  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  47.11 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.217912  normal  0.763127 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.22 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4605  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 		 232 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000523811  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 		 247 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  40.97 
 
 		 223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 		 224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  45.85 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  46.12 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  41.23 
 
 		 223 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  40.53 
 
 		 223 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  41.23 
 
 		 223 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  40.53 
 
 		 223 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  41.37 
 
 		 250 aa  178  7e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 235 aa  178  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2674  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 232 aa  178  7e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00069138  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  41.23 
 
 		 238 aa  178  7e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>