78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004232 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004232  hypothetical protein  100 
 
 		 506 aa  1040    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000250821  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1712  transcriptional regulator, putative  38.92 
 
 		 507 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.61 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.59 
 
 		 512 aa  57  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.61 
 
 		 518 aa  54.7  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 542 aa  53.1  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 481 aa  52.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 219 aa  52.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  30.53 
 
 		 250 aa  52.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  28.26 
 
 		 725 aa  51.2  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  51.2  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 395 aa  50.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  51.2  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  50.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.67 
 
 		 514 aa  50.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 591 aa  50.4  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  26.62 
 
 		 717 aa  49.7  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  30.84 
 
 		 226 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  32.32 
 
 		 1102 aa  48.5  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.31 
 
 		 225 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.57 
 
 		 541 aa  48.5  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.43 
 
 		 230 aa  47.8  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 591 aa  47.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4315  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.64 
 
 		 232 aa  47.4  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.767231  normal  0.644171 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 973 aa  47.4  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 658 aa  46.6  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 948 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  25 
 
 		 510 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.31 
 
 		 225 aa  46.6  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.35 
 
 		 225 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  25 
 
 		 525 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0520  two component transcriptional regulator  29.91 
 
 		 234 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  32.69 
 
 		 228 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  28.97 
 
 		 225 aa  46.2  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.35 
 
 		 225 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.35 
 
 		 225 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  22.54 
 
 		 604 aa  45.8  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.69 
 
 		 228 aa  45.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  23.85 
 
 		 678 aa  45.1  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 458 aa  45.4  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0249  two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 233 aa  45.1  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0382139  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  24.18 
 
 		 436 aa  45.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  26.32 
 
 		 977 aa  45.1  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0915  two component transcriptional regulator  27.03 
 
 		 225 aa  44.7  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 518 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  26.32 
 
 		 729 aa  44.7  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  28.74 
 
 		 228 aa  44.3  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4076  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.98 
 
 		 231 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105833  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 973 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3227  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.98 
 
 		 231 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303749  normal  0.0627816 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  27.78 
 
 		 228 aa  44.7  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 948 aa  44.3  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4290  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.98 
 
 		 231 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  24.74 
 
 		 468 aa  44.3  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 973 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3708  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.65 
 
 		 231 aa  44.3  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1494  response regulator receiver domain-containing protein  30.21 
 
 		 227 aa  44.3  0.006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  27.1 
 
 		 235 aa  44.3  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0703  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.97 
 
 		 236 aa  43.9  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  27.1 
 
 		 235 aa  44.3  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4186  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.65 
 
 		 231 aa  44.3  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.24384  normal  0.790942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  25.69 
 
 		 716 aa  43.9  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  43.9  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  27.37 
 
 		 522 aa  43.9  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  25.77 
 
 		 502 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  28.72 
 
 		 277 aa  43.5  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  33.33 
 
 		 521 aa  43.9  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0652  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 348 aa  43.5  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0214  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 348 aa  43.5  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.634876 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0725  putative transcriptional regulator, CadC  29.63 
 
 		 305 aa  43.5  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  24.31 
 
 		 262 aa  43.5  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>