More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4298 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4298  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3608  two component transcriptional regulator  95.15 
 
 		 227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657014 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0834  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.6033  unclonable  0.00000000040546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4483  two component transcriptional regulator  42.6 
 
 		 226 aa  191  9e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.759432  decreased coverage  0.000734691 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1777  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 226 aa  181  6e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0722021  normal  0.591414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3661  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.394742  normal  0.594777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4049  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 229 aa  171  7.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 236 aa  141  9e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.75 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 232 aa  135  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 235 aa  134  9e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  38.29 
 
 		 233 aa  134  9e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  35.87 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.27 
 
 		 236 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.1 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.39 
 
 		 244 aa  132  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.3 
 
 		 230 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 240 aa  132  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 235 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 232 aa  131  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17451  two-component response regulator  36.05 
 
 		 269 aa  131  9e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1071  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.85 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1587  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.93 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  36.2 
 
 		 234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1546  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.36 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000115937  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1240  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.2 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  34.91 
 
 		 248 aa  129  3e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.08 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3391  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 227 aa  129  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.141218  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.36 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0195  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4344  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.325933  normal  0.345767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4619  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  34.48 
 
 		 248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  35.27 
 
 		 245 aa  128  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  34.67 
 
 		 230 aa  128  7.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  32.89 
 
 		 226 aa  128  8.000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.2 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.520505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  34.2 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.09 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.74 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.89 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  34.05 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  34.2 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00220806  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 232 aa  126  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  33.19 
 
 		 236 aa  126  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  34.22 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20711  two-component response regulator  35.32 
 
 		 246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1196  two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 230 aa  125  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  32.61 
 
 		 233 aa  125  5e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.53 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.98 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4043  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.93 
 
 		 225 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.728877  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.21 
 
 		 238 aa  124  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 230 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 233 aa  124  9e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1986  two component transcriptional regulator  27.19 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5426  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  124  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2168  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.87 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.222815 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00362669  normal  0.695564 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4285  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83647  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2712  two component transcriptional regulator  35.91 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00552555  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  31.98 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.9 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2496  response regulator receiver  34.09 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.491467  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>