More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0960 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  466  9.999999999999999e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  95.74 
 
 		 236 aa  449  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2358  two component transcriptional regulator  68.56 
 
 		 231 aa  327  7e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0136772  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1488  two component transcriptional regulator  68.92 
 
 		 228 aa  300  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00208742  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  52.27 
 
 		 227 aa  236  3e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 227 aa  231  9e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  55.61 
 
 		 248 aa  227  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  51.72 
 
 		 240 aa  225  4e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  50.85 
 
 		 236 aa  224  7e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.19 
 
 		 236 aa  223  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  222  3e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 231 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 		 228 aa  218  7.999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 236 aa  218  7.999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 229 aa  216  2.9999999999999998e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  49.33 
 
 		 227 aa  215  4e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 234 aa  215  5e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 239 aa  211  9e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  48.31 
 
 		 239 aa  211  9e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 236 aa  211  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 231 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.9 
 
 		 232 aa  209  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 234 aa  209  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0276045  hitchhiker  9.727110000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 234 aa  208  5e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  45.05 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.37 
 
 		 236 aa  206  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  45.05 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 231 aa  206  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1104  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 233 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4663  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 		 232 aa  205  5e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1215  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 237 aa  204  7e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2121  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 231 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 232 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 231 aa  202  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 232 aa  202  4e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 229 aa  202  5e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.43 
 
 		 234 aa  201  7e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  47.56 
 
 		 226 aa  201  9e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 234 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.5 
 
 		 239 aa  200  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 235 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  47.46 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1012  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 		 257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.658807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 		 230 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 229 aa  198  5e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 230 aa  198  6e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.91 
 
 		 230 aa  198  7e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  48.02 
 
 		 230 aa  197  7.999999999999999e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.78 
 
 		 233 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 229 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 228 aa  198  7.999999999999999e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.44 
 
 		 227 aa  197  9e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0294  DNA-binding response regulator  44.25 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0256  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.96 
 
 		 238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0296  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0242  response regulator  44.69 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0245  response regulator  44.69 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0322  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000418869  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0271  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 233 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.439326  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4670  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.43 
 
 		 234 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1954  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 229 aa  195  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000155813  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 237 aa  195  5.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  46.78 
 
 		 250 aa  195  6e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 232 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  47.21 
 
 		 230 aa  194  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.35 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3369  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.881494  normal  0.845013 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0200  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0955644  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6310  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.534044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  48.21 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3703  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230236  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2813  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000151023  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5021  DNA-binding response regulator  44.25 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0330449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  45.54 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0303  DNA-binding response regulator  44.25 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0610099  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 256 aa  192  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 225 aa  192  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.74 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>