More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0011 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  81.43 
 
 		 1062 aa  1829    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  62.17 
 
 		 1071 aa  1360    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  80.89 
 
 		 1049 aa  1793    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  80.96 
 
 		 1062 aa  1816    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  80.02 
 
 		 1062 aa  1807    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  80.4 
 
 		 1062 aa  1814    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  78.2 
 
 		 1066 aa  1756    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  77.92 
 
 		 1081 aa  1770    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  79.55 
 
 		 1067 aa  1786    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  48.21 
 
 		 1111 aa  1053    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  77.81 
 
 		 1069 aa  1780    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  100 
 
 		 1065 aa  2202    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  75.82 
 
 		 1062 aa  1722    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  81.15 
 
 		 1062 aa  1822    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  44.92 
 
 		 1078 aa  979    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  47.92 
 
 		 1113 aa  1037    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  83.92 
 
 		 598 aa  1052    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  78.21 
 
 		 445 aa  734    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  80.58 
 
 		 1062 aa  1816    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  80.3 
 
 		 1062 aa  1810    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  51.8 
 
 		 1138 aa  1147    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  81.68 
 
 		 1060 aa  1847    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  47.31 
 
 		 1084 aa  999    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  45.77 
 
 		 1062 aa  1022    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  27.72 
 
 		 1052 aa  394  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  26.09 
 
 		 1005 aa  247  9e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.34 
 
 		 1059 aa  221  5e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  25.3 
 
 		 1040 aa  214  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.54 
 
 		 1042 aa  214  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  25.12 
 
 		 1042 aa  208  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  24.72 
 
 		 1014 aa  203  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  23.81 
 
 		 1031 aa  177  8e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  23.5 
 
 		 1010 aa  171  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  26.39 
 
 		 1090 aa  102  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  26.56 
 
 		 1067 aa  102  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  26.29 
 
 		 440 aa  97.8  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  25.35 
 
 		 1082 aa  95.9  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  26.37 
 
 		 1097 aa  94.7  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  25.87 
 
 		 430 aa  93.2  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0971  amidohydrolase 3  23.78 
 
 		 666 aa  92.8  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.59323  normal  0.0406107 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  26.29 
 
 		 420 aa  90.9  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  27.03 
 
 		 470 aa  88.6  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  25.06 
 
 		 478 aa  87.8  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  24.34 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  22.79 
 
 		 1167 aa  85.9  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  26.38 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  25.85 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  30.64 
 
 		 427 aa  84  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  28.94 
 
 		 431 aa  83.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  23.49 
 
 		 496 aa  83.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  28.94 
 
 		 431 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  28.94 
 
 		 431 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  28.94 
 
 		 431 aa  83.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  25.89 
 
 		 413 aa  82.8  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  25.77 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  22.36 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  32.83 
 
 		 426 aa  81.6  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4994  amidohydrolase  25.12 
 
 		 413 aa  81.6  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.939807 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  22.88 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  28.51 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  23.8 
 
 		 433 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  28.94 
 
 		 431 aa  81.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0258  amidohydrolase  25.65 
 
 		 441 aa  81.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0639139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0268  amidohydrolase  23.97 
 
 		 451 aa  80.5  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.863034  normal  0.27554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  28.51 
 
 		 431 aa  80.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  23.26 
 
 		 459 aa  79.7  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  26.24 
 
 		 419 aa  79.3  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  25.96 
 
 		 469 aa  79.7  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  23.58 
 
 		 1076 aa  79.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0535  amidohydrolase family protein  22.53 
 
 		 672 aa  79.3  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 463 aa  79.3  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  31.02 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  23.88 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  31.15 
 
 		 432 aa  78.6  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  24.48 
 
 		 1125 aa  78.6  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2093  amidohydrolase  28.5 
 
 		 568 aa  78.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.351411  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  25.55 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  22.97 
 
 		 717 aa  78.2  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  32.99 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  23.28 
 
 		 405 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  22.27 
 
 		 470 aa  77.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5623  WD40 domain protein beta Propeller  29.02 
 
 		 956 aa  77.4  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.101899 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  30 
 
 		 436 aa  76.6  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  29.53 
 
 		 427 aa  77  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  34.5 
 
 		 567 aa  76.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  22.74 
 
 		 455 aa  76.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  28.92 
 
 		 446 aa  76.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2556  amidohydrolase  24.59 
 
 		 483 aa  76.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0857  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  25.7 
 
 		 670 aa  76.3  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0089  tricorn protease  23.69 
 
 		 1084 aa  75.5  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000582269  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0144  translocation protein TolB  31.9 
 
 		 442 aa  75.1  0.000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1275  amidohydrolase  24.64 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  25.94 
 
 		 440 aa  74.7  0.000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>