31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0384 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C0437  putative response regulator  100 
 
 
247 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0722106  hitchhiker  0.00000510078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0384  putative response regulator  100 
 
 
247 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00164652  hitchhiker  0.00364689 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0377  putative response regulator  99.6 
 
 
247 aa  510  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0375  putative response regulator  98.38 
 
 
247 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.99344  normal  0.0181378 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0397  putative response regulator  98.79 
 
 
247 aa  505  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00385918  hitchhiker  0.0000663843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0394  putative transmembrane regulator  42.69 
 
 
244 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221341  hitchhiker  0.00246635 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0434  putative transmembrane regulator  42.69 
 
 
244 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  hitchhiker  0.0000171865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0381  putative transmembrane regulator  42.69 
 
 
244 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0344786 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0374  putative transmembrane regulator  42.69 
 
 
244 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0372  putative transmembrane regulator  35.48 
 
 
148 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0442089 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0197  transcriptional regulator, putative  30.59 
 
 
255 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0251  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  33.33 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0819  transcriptional regulator, putative  35.14 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.108056  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0596  hypothetical protein  34.04 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00449821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0727  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2099  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.483538  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2187  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.473189  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2049  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1556  putative transcriptional regulator  34.18 
 
 
288 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0689  putative transcriptional regulator, CadC  26.28 
 
 
195 aa  53.5  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2919  transcriptional regulatory protein-like protein  25.3 
 
 
604 aa  52.8  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.104867  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0605  hypothetical protein  29.55 
 
 
195 aa  52.4  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.533587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4135  putative transcriptional regulator, CadC  26 
 
 
134 aa  50.4  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.846767  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4253  putative transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 
158 aa  50.1  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1002  putative transcriptional regulator, CadC  26.8 
 
 
138 aa  47  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  34.12 
 
 
250 aa  47  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0951  hypothetical protein  26.8 
 
 
138 aa  47  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.400321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.66 
 
 
514 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  28.66 
 
 
514 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4134  transcriptional regulator, CadC  21.23 
 
 
267 aa  43.9  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.907655  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  29.23 
 
 
522 aa  42.7  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>