More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00945 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  100 
 
 		 587 aa  1172    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  88.78 
 
 		 499 aa  902    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  80.21 
 
 		 818 aa  908    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  47.96 
 
 		 863 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  47.58 
 
 		 890 aa  476  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  43.32 
 
 		 681 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  37.74 
 
 		 939 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  34.83 
 
 		 1467 aa  275  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  34.08 
 
 		 1381 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  35.03 
 
 		 683 aa  260  6e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  36.54 
 
 		 881 aa  256  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  34.46 
 
 		 1577 aa  239  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  39.35 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  34.13 
 
 		 820 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  30.46 
 
 		 1177 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  35.06 
 
 		 781 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  35.22 
 
 		 802 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  32.01 
 
 		 1368 aa  170  6e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  29.3 
 
 		 1198 aa  157  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  31.18 
 
 		 661 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  35.53 
 
 		 317 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.93 
 
 		 2096 aa  153  8e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  34.6 
 
 		 324 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  30.54 
 
 		 526 aa  140  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  41.62 
 
 		 920 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  41.62 
 
 		 917 aa  134  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  30.47 
 
 		 1600 aa  134  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  40.21 
 
 		 913 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1301 aa  132  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  27.29 
 
 		 2149 aa  130  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  33.8 
 
 		 338 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  32.32 
 
 		 508 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  38.1 
 
 		 889 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  38.1 
 
 		 903 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  31.87 
 
 		 500 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.8 
 
 		 1352 aa  124  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25 
 
 		 2277 aa  124  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  29.58 
 
 		 1271 aa  124  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  25.48 
 
 		 1959 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 1669 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  26.18 
 
 		 1917 aa  115  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.14 
 
 		 3027 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 2035 aa  107  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.38 
 
 		 1197 aa  104  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  30.23 
 
 		 1074 aa  103  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  25.25 
 
 		 1433 aa  103  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 		 1840 aa  100  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  27.66 
 
 		 1160 aa  98.6  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  25.84 
 
 		 1604 aa  97.8  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  27.22 
 
 		 1528 aa  96.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1583 aa  95.9  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 		 3193 aa  95.1  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 3689 aa  94.7  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.59 
 
 		 1942 aa  94.4  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  26.89 
 
 		 1520 aa  94.4  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.35 
 
 		 1953 aa  93.2  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.5 
 
 		 1550 aa  92.8  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  28.28 
 
 		 1489 aa  92  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.15 
 
 		 1547 aa  91.3  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.97 
 
 		 1517 aa  89.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1541 aa  87.8  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1541 aa  87  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  23.74 
 
 		 1381 aa  87  9e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.41 
 
 		 1586 aa  87  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  25.76 
 
 		 2003 aa  86.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1541 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1541 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1541 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.41 
 
 		 1595 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.69 
 
 		 1560 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  26.13 
 
 		 1485 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  27.25 
 
 		 2731 aa  85.1  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  24.41 
 
 		 1530 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  24.43 
 
 		 1614 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  28.19 
 
 		 1599 aa  84  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  24.62 
 
 		 1553 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  25.84 
 
 		 1147 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  23.42 
 
 		 1541 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.87 
 
 		 1485 aa  83.6  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  24.68 
 
 		 1345 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  24.68 
 
 		 1345 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.5 
 
 		 1259 aa  82.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  24.68 
 
 		 1008 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.29 
 
 		 1527 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  24.68 
 
 		 1008 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  23.41 
 
 		 1447 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.09 
 
 		 1551 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.1 
 
 		 1576 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  25.73 
 
 		 934 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.48 
 
 		 1981 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  24.34 
 
 		 931 aa  80.9  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  31.22 
 
 		 927 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.55 
 
 		 1572 aa  80.5  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  24.69 
 
 		 1616 aa  80.9  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  26.23 
 
 		 2144 aa  80.5  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  25.49 
 
 		 1423 aa  80.1  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  32.13 
 
 		 2224 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  32.13 
 
 		 2224 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 		 3273 aa  79.7  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  26.77 
 
 		 1488 aa  80.1  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>