More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1050 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  100 
 
 		 2731 aa  5528    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1046  YD repeat protein  60.45 
 
 		 902 aa  509  9.999999999999999e-143  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101993  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.88 
 
 		 2096 aa  342  8e-92  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.03 
 
 		 2149 aa  283  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.61 
 
 		 3027 aa  274  2e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  28.2 
 
 		 1600 aa  268  8e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.65 
 
 		 1352 aa  261  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.07 
 
 		 1271 aa  256  3e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.54 
 
 		 2277 aa  256  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.33 
 
 		 1840 aa  241  1e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.15 
 
 		 2035 aa  229  4e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.25 
 
 		 3689 aa  227  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  25.15 
 
 		 6272 aa  228  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.24 
 
 		 1959 aa  227  3e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.22 
 
 		 1917 aa  222  7.999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1942 aa  221  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1669 aa  217  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  27.41 
 
 		 1495 aa  212  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.53 
 
 		 1485 aa  204  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  23.68 
 
 		 5236 aa  203  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  23.69 
 
 		 5189 aa  202  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.24 
 
 		 1953 aa  192  1e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.62 
 
 		 1467 aa  179  8e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.62 
 
 		 3193 aa  176  5.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  27.71 
 
 		 3073 aa  175  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  29.67 
 
 		 2003 aa  171  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.98 
 
 		 3273 aa  171  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.2 
 
 		 1528 aa  170  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  26.03 
 
 		 1362 aa  168  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.9 
 
 		 1509 aa  168  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  26.1 
 
 		 1008 aa  167  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  26.1 
 
 		 1008 aa  167  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  24.5 
 
 		 1528 aa  166  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24 
 
 		 1560 aa  165  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1147 aa  162  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.07 
 
 		 1576 aa  161  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 2294 aa  160  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.49 
 
 		 1259 aa  158  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  24.97 
 
 		 1508 aa  156  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  26.22 
 
 		 2374 aa  156  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  26.9 
 
 		 1345 aa  156  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  26.9 
 
 		 1345 aa  156  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1541 aa  156  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1541 aa  156  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1541 aa  156  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.44 
 
 		 1527 aa  155  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1541 aa  156  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.69 
 
 		 1487 aa  155  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  24.42 
 
 		 1981 aa  155  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1381 aa  155  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  23.91 
 
 		 1541 aa  154  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.52 
 
 		 1429 aa  154  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  23.91 
 
 		 1541 aa  154  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  22.8 
 
 		 1732 aa  153  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.28 
 
 		 1609 aa  152  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  24.64 
 
 		 1160 aa  152  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  25.6 
 
 		 2350 aa  152  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.59 
 
 		 1572 aa  151  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 1197 aa  151  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.23 
 
 		 1495 aa  150  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.74 
 
 		 1434 aa  150  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  25.3 
 
 		 1494 aa  148  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  25.3 
 
 		 1494 aa  148  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  24.52 
 
 		 1488 aa  147  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  24.42 
 
 		 1410 aa  147  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  23.49 
 
 		 1586 aa  147  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  24.56 
 
 		 1390 aa  146  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.34 
 
 		 1520 aa  145  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.23 
 
 		 1485 aa  145  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 2942 aa  145  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.2 
 
 		 1586 aa  144  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.39 
 
 		 1595 aa  144  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.84 
 
 		 1614 aa  144  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.43 
 
 		 1518 aa  144  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 1547 aa  140  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  23.11 
 
 		 1384 aa  140  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.98 
 
 		 1464 aa  140  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 		 1554 aa  139  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  23.58 
 
 		 1550 aa  139  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  24.15 
 
 		 1579 aa  137  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  24.15 
 
 		 1428 aa  136  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.13 
 
 		 1517 aa  135  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.79 
 
 		 1593 aa  134  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1611 aa  134  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  29.11 
 
 		 678 aa  133  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  25.35 
 
 		 1599 aa  133  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.39 
 
 		 1411 aa  133  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  23.04 
 
 		 1400 aa  133  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.63 
 
 		 1551 aa  132  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  23.94 
 
 		 1489 aa  132  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1386 aa  132  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  24.14 
 
 		 1626 aa  131  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  27.12 
 
 		 2225 aa  130  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  28.02 
 
 		 2224 aa  130  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  26.29 
 
 		 2145 aa  129  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  23.92 
 
 		 927 aa  127  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  25.03 
 
 		 1433 aa  127  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1620 aa  127  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  24.63 
 
 		 613 aa  127  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.88 
 
 		 1552 aa  126  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>