More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2290 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  100 
 
 		 6272 aa  12480    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  26.98 
 
 		 5189 aa  439  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  26.98 
 
 		 5236 aa  438  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  25.2 
 
 		 2731 aa  231  4e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  26.02 
 
 		 3027 aa  216  1e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  27.63 
 
 		 3689 aa  203  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25 
 
 		 2096 aa  199  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1691a  wall-associated protein precursor  24.78 
 
 		 1987 aa  179  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.04 
 
 		 2149 aa  179  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.34 
 
 		 2277 aa  177  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.68 
 
 		 2035 aa  171  5.9999999999999996e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.66 
 
 		 1942 aa  166  9e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.61 
 
 		 1485 aa  166  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.67 
 
 		 1840 aa  161  4e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2522  peptidoglycan-binding LysM  45.26 
 
 		 718 aa  153  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.43 
 
 		 1271 aa  148  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.18 
 
 		 1669 aa  148  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.73 
 
 		 1959 aa  146  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.78 
 
 		 1352 aa  146  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.47 
 
 		 1917 aa  146  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  27.24 
 
 		 1953 aa  145  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  31.17 
 
 		 1600 aa  135  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  25.66 
 
 		 3273 aa  135  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  26.05 
 
 		 1467 aa  128  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1387  integrin-like protein  31.92 
 
 		 1490 aa  126  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.051369 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.1 
 
 		 1626 aa  123  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  31.87 
 
 		 1586 aa  122  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.3 
 
 		 1488 aa  121  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  28.34 
 
 		 1528 aa  119  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  27.1 
 
 		 1160 aa  115  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1547 aa  116  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.26 
 
 		 1428 aa  114  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.26 
 
 		 1579 aa  114  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.1 
 
 		 1530 aa  113  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.53 
 
 		 1614 aa  112  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  26.06 
 
 		 931 aa  112  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  24.32 
 
 		 1475 aa  112  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.29 
 
 		 1550 aa  111  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.57 
 
 		 1520 aa  111  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  26.32 
 
 		 1586 aa  111  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.32 
 
 		 1595 aa  110  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.23 
 
 		 1259 aa  110  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  24.87 
 
 		 1197 aa  110  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  24.12 
 
 		 1543 aa  110  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  27.07 
 
 		 3073 aa  109  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25 
 
 		 1485 aa  109  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  24.44 
 
 		 1539 aa  109  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1602 aa  108  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.96 
 
 		 1552 aa  108  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  26.11 
 
 		 1147 aa  108  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.91 
 
 		 1527 aa  107  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.23 
 
 		 1551 aa  107  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.17 
 
 		 1572 aa  107  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  23.98 
 
 		 1423 aa  107  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.52 
 
 		 1620 aa  105  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  27.62 
 
 		 1308 aa  105  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.34 
 
 		 1599 aa  105  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  27.62 
 
 		 1388 aa  105  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  24.09 
 
 		 1457 aa  105  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.73 
 
 		 1560 aa  104  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.32 
 
 		 1518 aa  104  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.29 
 
 		 1981 aa  103  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  25.71 
 
 		 1487 aa  103  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1541 aa  103  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1541 aa  103  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.17 
 
 		 1593 aa  103  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  27.88 
 
 		 613 aa  103  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1541 aa  103  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  30.61 
 
 		 924 aa  103  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  24.55 
 
 		 1539 aa  102  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  30.39 
 
 		 1362 aa  102  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26.05 
 
 		 1348 aa  102  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  27.94 
 
 		 1411 aa  102  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1390 aa  102  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  27.94 
 
 		 1397 aa  102  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.16 
 
 		 1509 aa  102  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  26.35 
 
 		 1517 aa  101  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1381 aa  101  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  23.87 
 
 		 1379 aa  101  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  28.06 
 
 		 1409 aa  101  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  29.65 
 
 		 1568 aa  101  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  30.13 
 
 		 1411 aa  101  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  26.1 
 
 		 1177 aa  101  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  30.13 
 
 		 1397 aa  100  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  28.06 
 
 		 1394 aa  100  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1541 aa  100  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  28.29 
 
 		 1411 aa  100  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  26.64 
 
 		 1411 aa  100  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  28.82 
 
 		 1411 aa  100  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  26.64 
 
 		 1411 aa  100  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  28.29 
 
 		 1377 aa  100  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  28.06 
 
 		 1399 aa  100  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  24.37 
 
 		 1541 aa  99.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  26.52 
 
 		 1531 aa  100  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  28.38 
 
 		 1397 aa  100  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.17 
 
 		 1541 aa  99.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  28.38 
 
 		 1365 aa  99.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  23.61 
 
 		 2942 aa  99  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  26.89 
 
 		 2144 aa  99.8  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3796  YD repeat-containing protein  29.77 
 
 		 422 aa  98.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.982597  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>