More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_0384 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  91.63 
 
 		 598 aa  936    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  82.69 
 
 		 1527 aa  2441    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  33.78 
 
 		 1620 aa  675    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  43.15 
 
 		 1573 aa  1094    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  56.64 
 
 		 1560 aa  1600    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1550 aa  3188    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  32.03 
 
 		 1626 aa  671    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  93.95 
 
 		 583 aa  875    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  75.97 
 
 		 934 aa  1423    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  42.46 
 
 		 1609 aa  1078    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  96.22 
 
 		 1520 aa  2823    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  82.47 
 
 		 1551 aa  2435    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  91.87 
 
 		 1547 aa  2711    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  35.2 
 
 		 1586 aa  601  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  33.31 
 
 		 1554 aa  566  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  33.41 
 
 		 1602 aa  558  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  87.41 
 
 		 414 aa  515  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  34.39 
 
 		 1362 aa  505  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  33.36 
 
 		 1429 aa  499  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  33.15 
 
 		 1446 aa  481  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  31.97 
 
 		 1411 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  32.76 
 
 		 1981 aa  479  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  33.51 
 
 		 1421 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  30.6 
 
 		 1386 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  31.95 
 
 		 1385 aa  465  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  32.01 
 
 		 1400 aa  465  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  32.72 
 
 		 1568 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  31.04 
 
 		 1409 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  30.96 
 
 		 1611 aa  452  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  30.57 
 
 		 1348 aa  432  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  29.95 
 
 		 1576 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  30.91 
 
 		 1614 aa  426  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.74 
 
 		 1595 aa  423  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  30.26 
 
 		 1604 aa  422  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1654 aa  422  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  29.77 
 
 		 1583 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  29.81 
 
 		 1572 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  31.05 
 
 		 1586 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  30.87 
 
 		 1531 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  34.31 
 
 		 924 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.65 
 
 		 1418 aa  405  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  30.17 
 
 		 1434 aa  398  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  29.58 
 
 		 1402 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  34.69 
 
 		 867 aa  400  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  34.83 
 
 		 866 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  29.48 
 
 		 1390 aa  397  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.36 
 
 		 1485 aa  387  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  29.03 
 
 		 1530 aa  386  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  29.35 
 
 		 1419 aa  382  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  28.26 
 
 		 1410 aa  379  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  29.67 
 
 		 1229 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.82 
 
 		 1379 aa  369  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  28.99 
 
 		 1518 aa  360  9.999999999999999e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.6 
 
 		 1259 aa  357  1e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  27.05 
 
 		 1384 aa  355  4e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.58 
 
 		 1197 aa  351  8e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  30.78 
 
 		 1579 aa  348  5e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  30.71 
 
 		 1428 aa  347  8e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  29.88 
 
 		 1509 aa  347  1e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  29.08 
 
 		 1359 aa  343  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  27.98 
 
 		 1508 aa  343  1e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.23 
 
 		 1466 aa  343  1e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1552 aa  342  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  30.49 
 
 		 1317 aa  342  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  27.23 
 
 		 1543 aa  341  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  28.07 
 
 		 1593 aa  338  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  27.7 
 
 		 1410 aa  337  7.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.43 
 
 		 1699 aa  335  3e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.97 
 
 		 1492 aa  334  7.000000000000001e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  29.02 
 
 		 1401 aa  330  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.49 
 
 		 1488 aa  327  1e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  27.5 
 
 		 1417 aa  324  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  26.96 
 
 		 1539 aa  324  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  27.78 
 
 		 1528 aa  323  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  29.37 
 
 		 1319 aa  323  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  27.13 
 
 		 1388 aa  320  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  29.15 
 
 		 1415 aa  319  3e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  26.75 
 
 		 1368 aa  318  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  27.07 
 
 		 1539 aa  314  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 1565 aa  311  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 1565 aa  311  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  29.61 
 
 		 1405 aa  311  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  26.88 
 
 		 1429 aa  311  8e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  29.97 
 
 		 1398 aa  310  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  26.6 
 
 		 1405 aa  307  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  29.22 
 
 		 1251 aa  305  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.67 
 
 		 1489 aa  305  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  27.44 
 
 		 1541 aa  303  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  27.44 
 
 		 1541 aa  303  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  27.44 
 
 		 1541 aa  303  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  37.34 
 
 		 553 aa  303  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  27.17 
 
 		 1541 aa  302  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  27.36 
 
 		 1381 aa  302  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1541 aa  301  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  27.36 
 
 		 1541 aa  301  7e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  28.4 
 
 		 1397 aa  300  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  29.45 
 
 		 1200 aa  298  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  29.45 
 
 		 1216 aa  298  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  27.62 
 
 		 1411 aa  298  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  27.02 
 
 		 1426 aa  298  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>