More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1235 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  69.24 
 
 		 1426 aa  1780    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  67.57 
 
 		 1200 aa  1439    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  66.93 
 
 		 1411 aa  1719    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  67.11 
 
 		 1409 aa  1720    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  67.55 
 
 		 1377 aa  1727    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  67.24 
 
 		 1411 aa  1719    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  68.35 
 
 		 682 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  67.24 
 
 		 1397 aa  1724    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  69.32 
 
 		 1426 aa  1779    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  66.85 
 
 		 1411 aa  1716    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4081  YD repeat-containing protein  64.8 
 
 		 713 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  66.93 
 
 		 1397 aa  1717    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  62.48 
 
 		 1199 aa  1494    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  67.4 
 
 		 1411 aa  1729    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  66.48 
 
 		 1308 aa  1707    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  68.89 
 
 		 1400 aa  1771    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  67.32 
 
 		 1377 aa  1724    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  67.99 
 
 		 1415 aa  1752    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  100 
 
 		 1405 aa  2885    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  67.01 
 
 		 1397 aa  1718    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  66.93 
 
 		 1411 aa  1719    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  65.54 
 
 		 1365 aa  1659    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  67.91 
 
 		 1398 aa  1783    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  66.9 
 
 		 1399 aa  1716    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  69.45 
 
 		 1410 aa  1788    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  81.95 
 
 		 1388 aa  2121    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  69.24 
 
 		 1426 aa  1780    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  67.27 
 
 		 1394 aa  1727    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  69.16 
 
 		 1268 aa  1778    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  67.16 
 
 		 1397 aa  1720    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  67.37 
 
 		 1417 aa  1776    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  68.83 
 
 		 1405 aa  1766    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  68.38 
 
 		 1251 aa  1758    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  69.32 
 
 		 1429 aa  1788    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  66.95 
 
 		 1388 aa  1714    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  67.87 
 
 		 1216 aa  1469    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  37.25 
 
 		 1490 aa  737    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  67.01 
 
 		 1411 aa  1720    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0258  RHS Repeat family protein  68.56 
 
 		 586 aa  622  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  33.63 
 
 		 1509 aa  599  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  33.52 
 
 		 1525 aa  597  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  33.2 
 
 		 1528 aa  586  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  67.92 
 
 		 554 aa  528  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  68.89 
 
 		 502 aa  511  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0728  RHS domain-containing protein  68.86 
 
 		 477 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  68.26 
 
 		 477 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00660  conserved protein, rhs-like protein  67.96 
 
 		 477 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  67.96 
 
 		 477 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00651  hypothetical protein  67.96 
 
 		 477 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2953  RHS protein  67.96 
 
 		 477 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.944321  normal  0.880791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  31.77 
 
 		 1317 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  31.47 
 
 		 1319 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  35.51 
 
 		 1679 aa  364  6e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  34.47 
 
 		 1677 aa  355  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1791 aa  348  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  33.75 
 
 		 1770 aa  347  6e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1583 aa  323  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  29.72 
 
 		 1547 aa  322  3.9999999999999996e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  29.37 
 
 		 1573 aa  306  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  29.49 
 
 		 1609 aa  304  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.93 
 
 		 1620 aa  297  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 1550 aa  295  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.19 
 
 		 1604 aa  291  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.9 
 
 		 1520 aa  289  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.64 
 
 		 1551 aa  281  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.64 
 
 		 1527 aa  281  9e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.89 
 
 		 1626 aa  277  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  29.08 
 
 		 1560 aa  275  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.59 
 
 		 1981 aa  266  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  27.52 
 
 		 1385 aa  253  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  27.21 
 
 		 1400 aa  253  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  30.37 
 
 		 1362 aa  248  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1411 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.38 
 
 		 1602 aa  246  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  27.68 
 
 		 1421 aa  246  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  74 
 
 		 314 aa  244  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  74 
 
 		 314 aa  244  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  73.33 
 
 		 314 aa  243  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  73.33 
 
 		 233 aa  243  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.91 
 
 		 1434 aa  242  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  73.33 
 
 		 312 aa  241  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  29.69 
 
 		 1229 aa  240  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  29.89 
 
 		 1554 aa  238  7e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26.76 
 
 		 1348 aa  234  9e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  27.63 
 
 		 1446 aa  233  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.42 
 
 		 1429 aa  230  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  29.92 
 
 		 1419 aa  229  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.15 
 
 		 1379 aa  229  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  27.18 
 
 		 1386 aa  228  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  31.87 
 
 		 1568 aa  227  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  26.93 
 
 		 866 aa  221  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26 
 
 		 1489 aa  221  7.999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  26.11 
 
 		 1654 aa  219  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.5 
 
 		 1528 aa  218  7e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  28.29 
 
 		 1409 aa  217  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.35 
 
 		 1418 aa  206  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  28.55 
 
 		 1410 aa  206  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  31.42 
 
 		 924 aa  205  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.44 
 
 		 1552 aa  204  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.44 
 
 		 1543 aa  204  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>