More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3113 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  99.51 
 
 		 1426 aa  2911    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  76.17 
 
 		 1308 aa  1983    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  93.16 
 
 		 1200 aa  2096    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  74.81 
 
 		 1411 aa  2180    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  77.44 
 
 		 1377 aa  1992    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  74.52 
 
 		 1411 aa  2171    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  86.26 
 
 		 682 aa  1068    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  77.2 
 
 		 1397 aa  1988    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  74.81 
 
 		 1411 aa  2180    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  100 
 
 		 1426 aa  2927    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  69.98 
 
 		 1365 aa  1969    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  96.9 
 
 		 1268 aa  2461    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  76.38 
 
 		 1399 aa  1980    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4081  YD repeat-containing protein  75.94 
 
 		 713 aa  759    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  81.26 
 
 		 1199 aa  1763    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  77.03 
 
 		 1415 aa  2078    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  70.89 
 
 		 1394 aa  2014    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  76.67 
 
 		 1409 aa  1977    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  77.52 
 
 		 1397 aa  1996    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  69.39 
 
 		 1388 aa  1778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  99.51 
 
 		 1426 aa  2911    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  69.24 
 
 		 1405 aa  1764    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  75.22 
 
 		 1417 aa  1923    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  82.61 
 
 		 1251 aa  2132    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  93.35 
 
 		 1216 aa  2130    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  76.9 
 
 		 1388 aa  1984    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  96.78 
 
 		 1429 aa  2833    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  74.67 
 
 		 1411 aa  2181    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  77.12 
 
 		 1377 aa  1988    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  92.07 
 
 		 1405 aa  2408    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  77.52 
 
 		 1397 aa  1996    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  74.52 
 
 		 1411 aa  2179    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  74.38 
 
 		 1411 aa  2172    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0258  RHS Repeat family protein  76.86 
 
 		 586 aa  793    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  92.3 
 
 		 1400 aa  2409    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  77.28 
 
 		 1397 aa  1986    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  93.81 
 
 		 1398 aa  2412    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  75.65 
 
 		 1410 aa  1945    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  38.52 
 
 		 1490 aa  754    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  34.78 
 
 		 1509 aa  636  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  34.09 
 
 		 1525 aa  634  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  34.57 
 
 		 1528 aa  626  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  77.08 
 
 		 554 aa  621  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  78.22 
 
 		 502 aa  575  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  77.91 
 
 		 477 aa  551  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0728  RHS domain-containing protein  77.61 
 
 		 477 aa  550  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  77.91 
 
 		 477 aa  552  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00660  conserved protein, rhs-like protein  77.01 
 
 		 477 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00651  hypothetical protein  77.01 
 
 		 477 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2953  RHS protein  77.01 
 
 		 477 aa  546  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.944321  normal  0.880791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  32.7 
 
 		 1319 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  31.97 
 
 		 1317 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  35.24 
 
 		 1679 aa  359  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  34.91 
 
 		 1677 aa  357  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  34.01 
 
 		 1791 aa  355  5e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  34.71 
 
 		 1770 aa  353  8.999999999999999e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  29.3 
 
 		 1547 aa  320  9e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  28.31 
 
 		 1586 aa  312  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1583 aa  306  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  28.84 
 
 		 1626 aa  303  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  28.45 
 
 		 1554 aa  303  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.87 
 
 		 1604 aa  300  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1620 aa  296  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  28.97 
 
 		 1560 aa  297  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.74 
 
 		 1520 aa  297  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  27.83 
 
 		 1550 aa  291  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.5 
 
 		 1527 aa  288  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1551 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.21 
 
 		 1609 aa  284  8.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  28.98 
 
 		 1981 aa  270  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  77.12 
 
 		 314 aa  263  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  77.12 
 
 		 314 aa  263  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  76.47 
 
 		 314 aa  261  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  76.47 
 
 		 233 aa  261  8e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  77.48 
 
 		 312 aa  259  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.12 
 
 		 1429 aa  255  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.27 
 
 		 1528 aa  253  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.61 
 
 		 1602 aa  238  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  27.36 
 
 		 1348 aa  237  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.16 
 
 		 1434 aa  235  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.23 
 
 		 1379 aa  233  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  24.96 
 
 		 1421 aa  228  8e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  29.93 
 
 		 1385 aa  227  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1466 aa  226  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  28.99 
 
 		 1229 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.53 
 
 		 1492 aa  223  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  29.81 
 
 		 1400 aa  223  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  28.33 
 
 		 1419 aa  221  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  29.01 
 
 		 1362 aa  215  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.7 
 
 		 1543 aa  215  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  31.59 
 
 		 1568 aa  214  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  29.09 
 
 		 1411 aa  212  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.5 
 
 		 1552 aa  213  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  28.03 
 
 		 1573 aa  208  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  28.16 
 
 		 1418 aa  202  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03448  rhsA element core protein RshA  93.27 
 
 		 290 aa  201  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03399  hypothetical protein  93.27 
 
 		 290 aa  201  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.17 
 
 		 2096 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  26.03 
 
 		 1485 aa  201  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  28.16 
 
 		 1390 aa  199  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>