More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0368 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  82.12 
 
 		 1527 aa  2429    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  86.65 
 
 		 598 aa  924    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  43.2 
 
 		 1573 aa  1100    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  56.84 
 
 		 1560 aa  1601    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  96.22 
 
 		 1550 aa  2800    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  42.7 
 
 		 1609 aa  1090    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  89.56 
 
 		 1547 aa  2693    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  33.2 
 
 		 1620 aa  664    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  31.82 
 
 		 1626 aa  657    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  92.2 
 
 		 583 aa  865    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  76.2 
 
 		 934 aa  1428    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1520 aa  3133    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  82.02 
 
 		 1551 aa  2428    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  34.93 
 
 		 1586 aa  605  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  33.58 
 
 		 1554 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  33.36 
 
 		 1602 aa  559  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  85.92 
 
 		 414 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  33.42 
 
 		 1429 aa  498  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  34.41 
 
 		 1362 aa  499  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  33.5 
 
 		 1981 aa  493  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  31.98 
 
 		 1411 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  32.71 
 
 		 1446 aa  481  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  31.77 
 
 		 1386 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  33.12 
 
 		 1421 aa  466  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  32.52 
 
 		 1568 aa  466  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  31.65 
 
 		 1385 aa  463  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  31.62 
 
 		 1400 aa  460  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  31.22 
 
 		 1409 aa  460  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  30.76 
 
 		 1611 aa  448  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  30.8 
 
 		 1576 aa  429  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  30.88 
 
 		 1348 aa  429  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.86 
 
 		 1595 aa  427  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  31.91 
 
 		 1614 aa  426  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  31.35 
 
 		 1531 aa  422  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  30.81 
 
 		 1604 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  29.09 
 
 		 1654 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  29.79 
 
 		 1583 aa  423  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  29.79 
 
 		 1572 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  31 
 
 		 1586 aa  420  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  33.97 
 
 		 924 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  35.16 
 
 		 866 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  30.14 
 
 		 1418 aa  403  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  30.06 
 
 		 1390 aa  398  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  30.05 
 
 		 1402 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  35.85 
 
 		 867 aa  396  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.63 
 
 		 1485 aa  394  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  29.73 
 
 		 1434 aa  391  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  29.01 
 
 		 1530 aa  386  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  29.79 
 
 		 1229 aa  382  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  28 
 
 		 1410 aa  379  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  30.04 
 
 		 1419 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  29.18 
 
 		 1379 aa  371  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  29.43 
 
 		 1518 aa  366  2e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  27.3 
 
 		 1384 aa  362  4e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  29.78 
 
 		 1359 aa  359  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.66 
 
 		 1197 aa  358  3.9999999999999996e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  31.15 
 
 		 1319 aa  358  5e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.39 
 
 		 1259 aa  357  7.999999999999999e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  28.05 
 
 		 1410 aa  349  3e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  27.9 
 
 		 1508 aa  348  5e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  30.47 
 
 		 1579 aa  347  1e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  30.07 
 
 		 1428 aa  347  1e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  29.89 
 
 		 1509 aa  343  2e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  28.25 
 
 		 1593 aa  338  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.28 
 
 		 1466 aa  337  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  27.84 
 
 		 1417 aa  334  7.000000000000001e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.71 
 
 		 1488 aa  333  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1492 aa  334  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  28.55 
 
 		 1401 aa  332  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27 
 
 		 1552 aa  332  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  27.16 
 
 		 1543 aa  330  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  27.58 
 
 		 1528 aa  328  7e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1699 aa  327  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  29.79 
 
 		 1400 aa  323  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  26.97 
 
 		 1539 aa  322  3.9999999999999996e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  27.18 
 
 		 1388 aa  317  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  29.3 
 
 		 1251 aa  316  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  29.3 
 
 		 1405 aa  315  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  27.39 
 
 		 1365 aa  314  6.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  26.76 
 
 		 1539 aa  313  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  29.54 
 
 		 1426 aa  313  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  29.89 
 
 		 1398 aa  312  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  27 
 
 		 1429 aa  311  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.49 
 
 		 1489 aa  310  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 1565 aa  309  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 1565 aa  309  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  28.57 
 
 		 1377 aa  309  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  28.52 
 
 		 1397 aa  309  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  28.43 
 
 		 1411 aa  308  7e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  29.61 
 
 		 1426 aa  307  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  29.61 
 
 		 1426 aa  307  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  28.59 
 
 		 1377 aa  306  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  26.73 
 
 		 1368 aa  304  8.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  29.68 
 
 		 1200 aa  304  9e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  28.35 
 
 		 1411 aa  304  9e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  28.41 
 
 		 1397 aa  304  9e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  28.43 
 
 		 1397 aa  304  9e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  27.47 
 
 		 1495 aa  304  1e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  29.68 
 
 		 1216 aa  304  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  28.46 
 
 		 1411 aa  303  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>