More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0233 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  74.38 
 
 		 1426 aa  2163    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  94.88 
 
 		 554 aa  733    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00660  conserved protein, rhs-like protein  93.51 
 
 		 477 aa  657    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  74.54 
 
 		 1200 aa  1631    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  98.37 
 
 		 1411 aa  2863    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  98.88 
 
 		 1377 aa  2536    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  100 
 
 		 1411 aa  2906    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  74.69 
 
 		 682 aa  866    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  93.22 
 
 		 477 aa  655    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  96.33 
 
 		 1397 aa  2467    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4081  YD repeat-containing protein  97.01 
 
 		 713 aa  996    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  74.52 
 
 		 1426 aa  2167    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  68.74 
 
 		 1410 aa  1830    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  87.91 
 
 		 1365 aa  2468    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  75.84 
 
 		 1400 aa  1979    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  74.09 
 
 		 1429 aa  2167    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  37.07 
 
 		 1490 aa  757    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  98.16 
 
 		 1411 aa  2857    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  74.38 
 
 		 1426 aa  2163    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  97.21 
 
 		 1397 aa  2494    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00651  hypothetical protein  93.51 
 
 		 477 aa  657    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0258  RHS Repeat family protein  70.34 
 
 		 586 aa  703    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  77.14 
 
 		 1268 aa  1976    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  97.76 
 
 		 1377 aa  2508    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  96.79 
 
 		 1308 aa  2479    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  76.95 
 
 		 1398 aa  1979    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  94.8 
 
 		 1399 aa  2483    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  97.11 
 
 		 1409 aa  2484    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  98.37 
 
 		 1411 aa  2863    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  69.51 
 
 		 1415 aa  1835    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  76.09 
 
 		 1405 aa  2000    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  66.93 
 
 		 1405 aa  1696    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  96.97 
 
 		 1397 aa  2490    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0728  RHS domain-containing protein  92.63 
 
 		 477 aa  648    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  92.92 
 
 		 477 aa  652    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  98.37 
 
 		 1411 aa  2858    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  68.14 
 
 		 1388 aa  1747    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  34.59 
 
 		 1525 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  96.55 
 
 		 1388 aa  2476    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  98.23 
 
 		 1411 aa  2856    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  89.56 
 
 		 1394 aa  2533    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  69.62 
 
 		 1417 aa  1790    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  74.73 
 
 		 1216 aa  1660    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  79.51 
 
 		 1199 aa  1719    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  81.04 
 
 		 1251 aa  2090    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  97.45 
 
 		 1397 aa  2495    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2953  RHS protein  93.51 
 
 		 477 aa  657    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.944321  normal  0.880791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  33.96 
 
 		 1509 aa  632  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  33.84 
 
 		 1528 aa  627  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  73.5 
 
 		 502 aa  538  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  33.18 
 
 		 1317 aa  452  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  32.57 
 
 		 1319 aa  436  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  34.38 
 
 		 1679 aa  347  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  33.41 
 
 		 1677 aa  337  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  32.57 
 
 		 1791 aa  336  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  33.1 
 
 		 1770 aa  332  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  26.78 
 
 		 1583 aa  316  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.03 
 
 		 1604 aa  315  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.61 
 
 		 1602 aa  313  1e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  30 
 
 		 1573 aa  312  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  28.54 
 
 		 1547 aa  311  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  28.54 
 
 		 1520 aa  304  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  29.22 
 
 		 1620 aa  303  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.77 
 
 		 1981 aa  303  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  91.45 
 
 		 314 aa  302  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  91.45 
 
 		 314 aa  302  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  28.99 
 
 		 1527 aa  301  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  90.79 
 
 		 314 aa  301  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  90.79 
 
 		 233 aa  300  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.1 
 
 		 1626 aa  300  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  28.86 
 
 		 1551 aa  298  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  27.85 
 
 		 1550 aa  297  8e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  91.33 
 
 		 312 aa  297  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  30.56 
 
 		 1429 aa  290  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  27.75 
 
 		 1586 aa  289  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.63 
 
 		 1609 aa  288  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  28.71 
 
 		 1560 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  28.14 
 
 		 1554 aa  244  7e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.68 
 
 		 1489 aa  238  5.0000000000000005e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.74 
 
 		 1400 aa  235  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.76 
 
 		 1528 aa  233  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.54 
 
 		 1385 aa  231  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.23 
 
 		 1492 aa  231  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  27.57 
 
 		 1543 aa  227  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.64 
 
 		 1434 aa  227  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.57 
 
 		 1552 aa  226  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  28.18 
 
 		 1362 aa  224  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  27.2 
 
 		 1348 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.33 
 
 		 1466 aa  221  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  26.26 
 
 		 1530 aa  218  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.82 
 
 		 1379 aa  214  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03448  rhsA element core protein RshA  99.04 
 
 		 290 aa  214  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1229 aa  214  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03399  hypothetical protein  99.04 
 
 		 290 aa  214  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  26.93 
 
 		 1654 aa  214  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  29.5 
 
 		 1410 aa  212  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.31 
 
 		 1259 aa  211  6e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1419 aa  204  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  31.21 
 
 		 1568 aa  204  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.38 
 
 		 1508 aa  203  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>