More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2615 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  96.26 
 
 		 1385 aa  2535    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  35.48 
 
 		 1419 aa  728    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  36.63 
 
 		 1421 aa  737    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2612  YD repeat-containing protein  97.15 
 
 		 497 aa  925    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  38.35 
 
 		 1418 aa  816    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  66 
 
 		 855 aa  1176    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  67.39 
 
 		 1140 aa  1552    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  68.35 
 
 		 1229 aa  1769    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  77.93 
 
 		 1409 aa  2098    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  73.41 
 
 		 867 aa  1157    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  73.3 
 
 		 555 aa  842    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  38.99 
 
 		 1359 aa  788    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  93.54 
 
 		 866 aa  1439    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  37.14 
 
 		 1446 aa  772    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  38.37 
 
 		 1402 aa  811    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  36.3 
 
 		 1531 aa  657    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  38.44 
 
 		 1390 aa  817    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  75.08 
 
 		 1386 aa  2003    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  76.76 
 
 		 1411 aa  2058    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  35.98 
 
 		 1379 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  82.62 
 
 		 561 aa  813    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  42.35 
 
 		 1410 aa  1015    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1400 aa  2889    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  35.14 
 
 		 1530 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  34.84 
 
 		 1568 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  34.42 
 
 		 1604 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  35.77 
 
 		 1362 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  34.03 
 
 		 1583 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  35.75 
 
 		 1348 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  72.24 
 
 		 480 aa  566  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  33.69 
 
 		 1586 aa  556  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  32.11 
 
 		 1654 aa  528  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  30.92 
 
 		 1602 aa  504  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  32.5 
 
 		 1554 aa  502  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  71.94 
 
 		 451 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2528  YD repeat-containing protein  79.93 
 
 		 283 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  37.47 
 
 		 924 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  32.01 
 
 		 1550 aa  465  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  31.52 
 
 		 1551 aa  466  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  33.18 
 
 		 1149 aa  463  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1520 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  31.66 
 
 		 1149 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  31.67 
 
 		 1527 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.94 
 
 		 1547 aa  457  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  29.44 
 
 		 1609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  30.01 
 
 		 1150 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  30.01 
 
 		 1150 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.01 
 
 		 1150 aa  436  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  29.55 
 
 		 1573 aa  435  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  31.5 
 
 		 1576 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  30.76 
 
 		 1560 aa  428  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  29.94 
 
 		 1150 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  32 
 
 		 1572 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.34 
 
 		 1626 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  31.62 
 
 		 1614 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  29.86 
 
 		 1620 aa  403  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  30.35 
 
 		 1611 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  29.55 
 
 		 1586 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.64 
 
 		 1595 aa  376  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.13 
 
 		 1981 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  28.43 
 
 		 1429 aa  366  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  29.44 
 
 		 1317 aa  348  6e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  28.94 
 
 		 1319 aa  347  8e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  27.51 
 
 		 1495 aa  343  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1487 aa  342  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  26.98 
 
 		 1600 aa  335  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  26.33 
 
 		 1422 aa  334  9e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.63 
 
 		 1437 aa  333  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  27.8 
 
 		 1517 aa  332  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27 
 
 		 1197 aa  324  8e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1527 aa  317  8e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  27.31 
 
 		 1485 aa  317  9e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  26.65 
 
 		 1505 aa  315  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  26.06 
 
 		 1475 aa  314  7.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  25.88 
 
 		 1457 aa  314  7.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.26 
 
 		 1509 aa  314  1e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  26.09 
 
 		 1423 aa  313  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  27.13 
 
 		 1508 aa  309  3e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  26.47 
 
 		 1384 aa  305  5.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  26.36 
 
 		 1616 aa  304  9e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  25.75 
 
 		 1447 aa  301  7e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  37.95 
 
 		 553 aa  301  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  25.72 
 
 		 1428 aa  295  5e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.79 
 
 		 1488 aa  292  3e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  25.43 
 
 		 1541 aa  288  4e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  25.56 
 
 		 1541 aa  288  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  25.56 
 
 		 1541 aa  288  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  25.56 
 
 		 1541 aa  288  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  25.75 
 
 		 1541 aa  287  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  25.91 
 
 		 1381 aa  287  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  25.62 
 
 		 1541 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.44 
 
 		 1434 aa  283  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.04 
 
 		 1552 aa  281  5e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  27.04 
 
 		 1543 aa  281  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  27.31 
 
 		 1679 aa  280  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  27.18 
 
 		 1639 aa  277  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.5 
 
 		 1518 aa  277  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.26 
 
 		 1492 aa  275  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.35 
 
 		 1528 aa  274  7e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  26.44 
 
 		 1539 aa  274  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>