245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2528 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2528  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 283 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  79.58 
 
 		 1385 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  79.93 
 
 		 1400 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2612  YD repeat-containing protein  78.89 
 
 		 497 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  69.55 
 
 		 1409 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  65.62 
 
 		 1411 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  67.82 
 
 		 1140 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  65.4 
 
 		 1229 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  65.4 
 
 		 855 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  61.46 
 
 		 1386 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  84.55 
 
 		 866 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  72.73 
 
 		 867 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  39.85 
 
 		 1410 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  37.15 
 
 		 1359 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  37.77 
 
 		 1446 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  37.09 
 
 		 1421 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  37.66 
 
 		 1379 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  31.88 
 
 		 1418 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  31.88 
 
 		 1402 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  31.88 
 
 		 1390 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  33.59 
 
 		 1530 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  32.58 
 
 		 1654 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1531 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  36.48 
 
 		 1149 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  30.72 
 
 		 1604 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  31.08 
 
 		 1583 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  31.79 
 
 		 1419 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  30.46 
 
 		 1586 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  31.84 
 
 		 1568 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.86 
 
 		 1520 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  34.48 
 
 		 1149 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  32.41 
 
 		 1150 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.14 
 
 		 1547 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  31.94 
 
 		 1150 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  31.94 
 
 		 1150 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  31.94 
 
 		 1150 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  28.67 
 
 		 1573 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  29.43 
 
 		 1348 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  27.86 
 
 		 1550 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 934 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1551 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.98 
 
 		 1527 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  28.68 
 
 		 1362 aa  92.4  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  28.93 
 
 		 1626 aa  89.7  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  31.66 
 
 		 1388 aa  89  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  29.18 
 
 		 1485 aa  88.6  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  30.45 
 
 		 1410 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.54 
 
 		 2035 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  30.45 
 
 		 1417 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1199 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  30.45 
 
 		 1415 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  28.52 
 
 		 1411 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1251 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  27.74 
 
 		 1394 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  27.74 
 
 		 1399 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  29.34 
 
 		 1528 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  30.42 
 
 		 1509 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  28.52 
 
 		 1377 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1405 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  28.52 
 
 		 1411 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  28.52 
 
 		 1365 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  28.52 
 
 		 1377 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  27.74 
 
 		 1409 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  28.52 
 
 		 1397 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  28.52 
 
 		 1411 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  28.52 
 
 		 1308 aa  80.9  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  28.52 
 
 		 1397 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  28.89 
 
 		 1525 aa  80.5  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.8 
 
 		 1488 aa  80.5  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  28.52 
 
 		 1388 aa  80.5  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  27.74 
 
 		 1397 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  30.92 
 
 		 924 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  30.09 
 
 		 2277 aa  79.7  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.94 
 
 		 1602 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  26.01 
 
 		 1411 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  26.01 
 
 		 1411 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  26.01 
 
 		 1411 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  26.01 
 
 		 1397 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  27.44 
 
 		 1405 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  27.44 
 
 		 1400 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.52 
 
 		 1609 aa  76.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  27.44 
 
 		 1398 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.31 
 
 		 1981 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.84 
 
 		 1434 aa  75.9  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  29.38 
 
 		 2096 aa  75.1  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27.92 
 
 		 1560 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  30.26 
 
 		 1271 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  27.07 
 
 		 1429 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  26.69 
 
 		 1216 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  26.69 
 
 		 1200 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  26.69 
 
 		 1426 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  26.69 
 
 		 1426 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  26.69 
 
 		 1426 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  28.86 
 
 		 1428 aa  72  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  28.86 
 
 		 1579 aa  72  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  26.69 
 
 		 1268 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  28.47 
 
 		 1490 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  28.57 
 
 		 1429 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  27.51 
 
 		 1576 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.59 
 
 		 2149 aa  69.7  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>