More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0403 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  93.62 
 
 		 1402 aa  2625    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  38.44 
 
 		 1400 aa  811    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  37.87 
 
 		 1359 aa  804    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  38.05 
 
 		 1386 aa  793    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  99.15 
 
 		 1418 aa  2645    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  38.4 
 
 		 1385 aa  818    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  38.72 
 
 		 1379 aa  856    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  36.55 
 
 		 1229 aa  722    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  39.02 
 
 		 1409 aa  822    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1390 aa  2878    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  40.72 
 
 		 1410 aa  860    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  38 
 
 		 1411 aa  791    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  40.38 
 
 		 1419 aa  857    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  34.88 
 
 		 1140 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  32.97 
 
 		 1446 aa  591  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  32.33 
 
 		 1421 aa  551  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  38.15 
 
 		 924 aa  552  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  32.21 
 
 		 1568 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  41.01 
 
 		 867 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  31.78 
 
 		 1531 aa  509  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  40.37 
 
 		 866 aa  503  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  33.06 
 
 		 1362 aa  497  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  32.55 
 
 		 1149 aa  498  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  31.56 
 
 		 1149 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  30.77 
 
 		 1150 aa  482  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  30.74 
 
 		 1150 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.65 
 
 		 1150 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  30.56 
 
 		 1150 aa  475  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  31.57 
 
 		 1348 aa  476  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  30.85 
 
 		 1576 aa  452  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  30.08 
 
 		 1530 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  34.56 
 
 		 855 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  30.04 
 
 		 1604 aa  446  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  30.21 
 
 		 1583 aa  439  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  30.64 
 
 		 1586 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  30.29 
 
 		 1527 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.26 
 
 		 1547 aa  406  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  29.96 
 
 		 1560 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.48 
 
 		 1550 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  30.06 
 
 		 1520 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  29.97 
 
 		 1551 aa  398  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 1654 aa  394  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  29.61 
 
 		 1554 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.32 
 
 		 1626 aa  381  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.02 
 
 		 1620 aa  378  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.81 
 
 		 1429 aa  365  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.3 
 
 		 1981 aa  365  3e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  29.16 
 
 		 1573 aa  365  4e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  29.48 
 
 		 1611 aa  361  5e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  42.47 
 
 		 561 aa  350  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  29.42 
 
 		 1572 aa  345  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  29.36 
 
 		 1602 aa  336  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  38.11 
 
 		 555 aa  333  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.31 
 
 		 1595 aa  328  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  29.35 
 
 		 1586 aa  327  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.18 
 
 		 1609 aa  322  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  46.79 
 
 		 480 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  27.75 
 
 		 1494 aa  315  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  27.75 
 
 		 1494 aa  315  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  28.1 
 
 		 1319 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  26.43 
 
 		 1517 aa  308  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27.52 
 
 		 1487 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  28.24 
 
 		 1495 aa  306  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  26.15 
 
 		 1541 aa  294  7e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  26.23 
 
 		 1541 aa  293  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1541 aa  293  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1541 aa  293  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1541 aa  293  2e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  26.23 
 
 		 1541 aa  293  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  26.35 
 
 		 1381 aa  292  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  48.74 
 
 		 451 aa  282  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  26.76 
 
 		 1485 aa  280  1e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  25.33 
 
 		 1475 aa  280  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.82 
 
 		 1518 aa  278  7e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1553 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  27.06 
 
 		 1317 aa  272  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  27.94 
 
 		 1673 aa  270  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.02 
 
 		 1508 aa  269  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.63 
 
 		 1197 aa  268  7e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  25.19 
 
 		 1457 aa  264  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  27.51 
 
 		 1679 aa  264  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  24.81 
 
 		 1423 aa  263  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.72 
 
 		 1434 aa  263  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  24.59 
 
 		 1437 aa  260  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.56 
 
 		 1528 aa  260  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  32.31 
 
 		 1614 aa  259  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  25.41 
 
 		 1384 aa  256  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  28.79 
 
 		 1365 aa  254  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  24.19 
 
 		 1428 aa  252  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.69 
 
 		 1259 aa  251  6e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  26.88 
 
 		 1639 aa  248  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  24.54 
 
 		 1447 aa  249  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  26.84 
 
 		 1509 aa  246  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  25.63 
 
 		 1495 aa  245  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1527 aa  244  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  24.05 
 
 		 1699 aa  240  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  24.29 
 
 		 1422 aa  239  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  24.88 
 
 		 1494 aa  235  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  26.43 
 
 		 1488 aa  233  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  33.79 
 
 		 553 aa  227  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>