More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2355 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1494 aa  3106    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  29.66 
 
 		 1384 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 		 1611 aa  384  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  26.17 
 
 		 1554 aa  356  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.14 
 
 		 1576 aa  355  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  24.62 
 
 		 1586 aa  316  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.65 
 
 		 1572 aa  311  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 1547 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.46 
 
 		 1560 aa  295  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.71 
 
 		 1520 aa  292  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1527 aa  289  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.35 
 
 		 1551 aa  285  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  24.16 
 
 		 1609 aa  281  5e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  25.62 
 
 		 1409 aa  280  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.87 
 
 		 1586 aa  280  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1550 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  23.6 
 
 		 1620 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  24.5 
 
 		 1362 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.56 
 
 		 1595 aa  274  9e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  24.9 
 
 		 1531 aa  273  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  24.14 
 
 		 1385 aa  270  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  24.59 
 
 		 1981 aa  269  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1400 aa  268  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1410 aa  258  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  24.63 
 
 		 1348 aa  257  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  23.93 
 
 		 1411 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25.57 
 
 		 1626 aa  256  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 1602 aa  251  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  22.71 
 
 		 1197 aa  247  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.46 
 
 		 1492 aa  246  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  23.36 
 
 		 1466 aa  244  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  24.01 
 
 		 1573 aa  243  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.04 
 
 		 1429 aa  241  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  24.72 
 
 		 1565 aa  241  6.999999999999999e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  24.72 
 
 		 1565 aa  241  6.999999999999999e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  24.16 
 
 		 1530 aa  238  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 1418 aa  236  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  24.88 
 
 		 1390 aa  234  6e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1402 aa  234  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  23.48 
 
 		 1543 aa  233  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  22.68 
 
 		 1421 aa  232  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  23.75 
 
 		 1528 aa  229  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 		 867 aa  230  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.06 
 
 		 1259 aa  227  1e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  24.49 
 
 		 1386 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  24.47 
 
 		 1419 aa  226  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  23.06 
 
 		 1446 aa  221  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  22.64 
 
 		 1539 aa  220  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  24.64 
 
 		 1614 aa  219  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.08 
 
 		 2096 aa  217  9.999999999999999e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  22.46 
 
 		 1495 aa  214  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.58 
 
 		 1552 aa  212  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  21.77 
 
 		 1639 aa  206  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  23.67 
 
 		 1679 aa  206  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  22.91 
 
 		 1568 aa  204  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.46 
 
 		 1527 aa  203  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.45 
 
 		 1434 aa  202  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.5 
 
 		 1485 aa  201  6e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  22.76 
 
 		 1699 aa  201  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  23.21 
 
 		 1359 aa  201  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  22.43 
 
 		 1508 aa  199  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1189 aa  199  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  25.82 
 
 		 866 aa  197  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  23.1 
 
 		 1401 aa  190  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.8 
 
 		 924 aa  187  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  23.18 
 
 		 1528 aa  183  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  26.42 
 
 		 598 aa  179  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  23.59 
 
 		 1579 aa  178  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  24.06 
 
 		 1673 aa  178  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  23.54 
 
 		 1428 aa  177  9e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  29.51 
 
 		 480 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 927 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  27.05 
 
 		 553 aa  177  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  38.87 
 
 		 451 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1541 aa  174  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1541 aa  172  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1541 aa  172  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1541 aa  171  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1541 aa  171  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1541 aa  171  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1381 aa  170  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  25.45 
 
 		 1494 aa  170  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1494 aa  170  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  28.6 
 
 		 561 aa  169  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  27.31 
 
 		 583 aa  165  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.4 
 
 		 903 aa  163  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  35.69 
 
 		 414 aa  162  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.47 
 
 		 1487 aa  162  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  24.75 
 
 		 1509 aa  162  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  21.43 
 
 		 3027 aa  161  7e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  23.62 
 
 		 1317 aa  161  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.43 
 
 		 1319 aa  160  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0770  YD repeat-containing protein  25.32 
 
 		 693 aa  159  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.163533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  23.68 
 
 		 1467 aa  159  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.43 
 
 		 2035 aa  159  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  24.22 
 
 		 1518 aa  159  5.0000000000000005e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  23.86 
 
 		 1495 aa  158  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  26.12 
 
 		 613 aa  157  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.68 
 
 		 1352 aa  156  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  21.52 
 
 		 1553 aa  154  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>