More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2443 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  97.39 
 
 		 690 aa  1049    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 927 aa  1868    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  38.55 
 
 		 903 aa  492  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  37.92 
 
 		 889 aa  469  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  36.95 
 
 		 913 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  35.99 
 
 		 1381 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  30.88 
 
 		 1198 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  34.69 
 
 		 1433 aa  361  3e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  31.69 
 
 		 917 aa  351  4e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  32.07 
 
 		 920 aa  350  9e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  33.08 
 
 		 1467 aa  338  3.9999999999999995e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  33.42 
 
 		 1577 aa  337  5e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  35.08 
 
 		 738 aa  301  4e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  35.02 
 
 		 764 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  33.71 
 
 		 788 aa  266  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  33.71 
 
 		 788 aa  266  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  35.58 
 
 		 605 aa  265  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  33.76 
 
 		 705 aa  261  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  33.01 
 
 		 741 aa  259  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  32.88 
 
 		 1177 aa  258  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  31.48 
 
 		 2096 aa  256  2.0000000000000002e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  29.33 
 
 		 1352 aa  244  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  27.46 
 
 		 1301 aa  244  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  30.09 
 
 		 1390 aa  241  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  27.83 
 
 		 1427 aa  229  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.08 
 
 		 1586 aa  212  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  27.56 
 
 		 1271 aa  212  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.71 
 
 		 1595 aa  211  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  27.04 
 
 		 1429 aa  209  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  30.09 
 
 		 613 aa  209  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  27.2 
 
 		 1338 aa  207  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.79 
 
 		 1981 aa  207  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1600 aa  204  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.7 
 
 		 1547 aa  204  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27.02 
 
 		 1560 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.82 
 
 		 1362 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  27.09 
 
 		 1576 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.95 
 
 		 1572 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.41 
 
 		 1348 aa  197  8.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.77 
 
 		 1614 aa  197  9e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  26.43 
 
 		 1418 aa  195  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  24.07 
 
 		 1554 aa  195  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.69 
 
 		 1611 aa  194  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 1409 aa  193  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  24.72 
 
 		 1609 aa  191  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1390 aa  191  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  23.56 
 
 		 1602 aa  190  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.05 
 
 		 1568 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.71 
 
 		 1959 aa  189  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  25.51 
 
 		 924 aa  189  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  25.75 
 
 		 1384 aa  188  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  28.55 
 
 		 1834 aa  187  6e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.22 
 
 		 1520 aa  187  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1411 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  25.84 
 
 		 1402 aa  187  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  24.64 
 
 		 1494 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  24.64 
 
 		 1494 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.13 
 
 		 1485 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  26.71 
 
 		 1379 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  25.09 
 
 		 1487 aa  185  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25 
 
 		 1518 aa  184  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  29.51 
 
 		 2277 aa  183  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  27.17 
 
 		 2149 aa  184  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  26.29 
 
 		 867 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1386 aa  183  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  26.29 
 
 		 1840 aa  181  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.47 
 
 		 1550 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  36.99 
 
 		 423 aa  182  4e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 1527 aa  181  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  25.38 
 
 		 1494 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  23.35 
 
 		 1573 aa  181  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.51 
 
 		 1528 aa  179  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1917 aa  179  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  24.83 
 
 		 1488 aa  179  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  24.84 
 
 		 1531 aa  179  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.61 
 
 		 1466 aa  178  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  26.62 
 
 		 3456 aa  178  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.06 
 
 		 1551 aa  178  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.82 
 
 		 1492 aa  177  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 866 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  24.02 
 
 		 1385 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  24.34 
 
 		 1400 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.35 
 
 		 1259 aa  174  5e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1527 aa  174  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1495 aa  171  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  23.65 
 
 		 1509 aa  169  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  26.89 
 
 		 2003 aa  169  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.7 
 
 		 1942 aa  169  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  25.33 
 
 		 1189 aa  169  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.16 
 
 		 1489 aa  168  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.77 
 
 		 3193 aa  167  6.9999999999999995e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  24.92 
 
 		 1319 aa  167  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  25.31 
 
 		 1669 aa  167  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  24.66 
 
 		 1679 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  23.86 
 
 		 1419 aa  166  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  23.44 
 
 		 1586 aa  165  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  26.74 
 
 		 1599 aa  164  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  25.22 
 
 		 1673 aa  163  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.67 
 
 		 2035 aa  164  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  24.82 
 
 		 1446 aa  162  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>