More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4988 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  70.89 
 
 
1385 aa  729    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  95.59 
 
 
1409 aa  733    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  100 
 
 
480 aa  1006    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  84.29 
 
 
867 aa  729    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  73 
 
 
1386 aa  745    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  94.75 
 
 
451 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  87.62 
 
 
1229 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  72.24 
 
 
1400 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  69.06 
 
 
561 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  73.55 
 
 
1411 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  71.2 
 
 
866 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  97.01 
 
 
555 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  95.26 
 
 
1140 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  47.4 
 
 
1402 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  47.16 
 
 
1418 aa  324  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  46.79 
 
 
1390 aa  323  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  42.57 
 
 
1410 aa  316  7e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  43.17 
 
 
1421 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4994  rhs-related protein  95.62 
 
 
137 aa  276  7e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  39.51 
 
 
1446 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  34.3 
 
 
1554 aa  253  7e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  41.62 
 
 
1576 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  36.77 
 
 
1586 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  40.27 
 
 
1348 aa  251  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  39.95 
 
 
1419 aa  250  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  39.74 
 
 
1572 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  40.25 
 
 
1531 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  36.85 
 
 
553 aa  248  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  40.58 
 
 
1379 aa  247  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  42.38 
 
 
1611 aa  246  8e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  38.26 
 
 
1362 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  38.46 
 
 
1530 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  40.73 
 
 
1614 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  39.58 
 
 
924 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4995  RHS protein  89.26 
 
 
171 aa  230  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  38.54 
 
 
1586 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  39.41 
 
 
1568 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  34.67 
 
 
1602 aa  224  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  38.44 
 
 
1359 aa  223  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  39.83 
 
 
1595 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  35.83 
 
 
598 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  34.15 
 
 
1609 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  35.2 
 
 
1550 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  36.07 
 
 
1527 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  34.89 
 
 
1560 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  35.83 
 
 
583 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  35.83 
 
 
1551 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  34.78 
 
 
1547 aa  209  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  35.13 
 
 
1520 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  37.83 
 
 
1384 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  31.29 
 
 
1573 aa  190  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  37.54 
 
 
1149 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  31.03 
 
 
1620 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  37.3 
 
 
1149 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  37.45 
 
 
1494 aa  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  31.94 
 
 
1150 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  31.94 
 
 
1150 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  31.94 
 
 
1150 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  38.72 
 
 
414 aa  179  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0360  guanine-specific ribonuclease N1 and T1  45.89 
 
 
306 aa  178  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0350  RHS protein  46.77 
 
 
307 aa  173  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.33 
 
 
1429 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  31.32 
 
 
1150 aa  171  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  28.93 
 
 
1626 aa  170  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  32.72 
 
 
1495 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  32.55 
 
 
1487 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  34.12 
 
 
1494 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  34.12 
 
 
1494 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  31.27 
 
 
1509 aa  161  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.88 
 
 
1981 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  31.7 
 
 
1508 aa  159  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  32.81 
 
 
1495 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  28.74 
 
 
1466 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.07 
 
 
1492 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0770  YD repeat-containing protein  29.07 
 
 
693 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.163533  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3794  Rhs family protein  42.78 
 
 
357 aa  156  9e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.279283  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  31.59 
 
 
1189 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  31.08 
 
 
1527 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3884  RHS protein  68.13 
 
 
231 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  31.02 
 
 
1319 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  31.65 
 
 
1488 aa  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  31.3 
 
 
1434 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  30.99 
 
 
1699 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  32 
 
 
1679 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  37.74 
 
 
423 aa  146  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  31.41 
 
 
1518 aa  146  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  31.3 
 
 
1517 aa  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  37.05 
 
 
690 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  33.58 
 
 
1583 aa  145  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  32.08 
 
 
1317 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  29.68 
 
 
1639 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  35.53 
 
 
1381 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  33.58 
 
 
1604 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  31.71 
 
 
1673 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  36.94 
 
 
927 aa  141  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.02 
 
 
1197 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  27.25 
 
 
1539 aa  140  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  31.89 
 
 
1352 aa  140  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  29.33 
 
 
1543 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.59 
 
 
1552 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>