More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_2646 on replicon NC_008060
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  92.72 
 
 
598 aa  860    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  85.18 
 
 
1547 aa  849    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  94.62 
 
 
1527 aa  877    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  75.33 
 
 
1560 aa  707    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  93.95 
 
 
1550 aa  875    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  100 
 
 
583 aa  1206    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  92.2 
 
 
1520 aa  865    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  99.83 
 
 
1551 aa  1212    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  88.64 
 
 
414 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  47.5 
 
 
1609 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  40.07 
 
 
1573 aa  353  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  40.51 
 
 
1620 aa  317  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  36.27 
 
 
1626 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  38.54 
 
 
1554 aa  292  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  36.07 
 
 
1586 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  36.33 
 
 
553 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  36.42 
 
 
1602 aa  279  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  39.46 
 
 
1362 aa  268  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  35.53 
 
 
1400 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  37.72 
 
 
1446 aa  252  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  38.48 
 
 
1576 aa  250  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  38.27 
 
 
1572 aa  250  6e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  37.44 
 
 
1421 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  35.61 
 
 
924 aa  248  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  31.58 
 
 
1410 aa  246  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  36.79 
 
 
1385 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  36.42 
 
 
866 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  31.65 
 
 
1411 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  34.55 
 
 
1614 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  36.82 
 
 
1409 aa  244  5e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  37.9 
 
 
1611 aa  243  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  37.47 
 
 
1568 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  36.13 
 
 
867 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  36.28 
 
 
1531 aa  240  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  33.57 
 
 
1583 aa  236  9e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  35.24 
 
 
1386 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  35 
 
 
561 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  31.75 
 
 
1604 aa  229  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  36.05 
 
 
1348 aa  226  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  35.97 
 
 
1586 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  35.97 
 
 
1595 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  34.01 
 
 
1379 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  33.92 
 
 
1418 aa  217  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  32.98 
 
 
1390 aa  217  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0439  YD repeat-containing protein  96.26 
 
 
148 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.703325  normal  0.248849 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  34.68 
 
 
1419 aa  215  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  33.7 
 
 
1402 aa  213  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  31.67 
 
 
1654 aa  209  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  35.61 
 
 
480 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  37.82 
 
 
451 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  30.61 
 
 
1384 aa  194  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  30.81 
 
 
682 aa  190  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  30.02 
 
 
1530 aa  190  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  30.35 
 
 
1415 aa  188  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  30.26 
 
 
1429 aa  186  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  30.39 
 
 
1268 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  30.48 
 
 
1410 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.661469 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  30.95 
 
 
1426 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  31.47 
 
 
1200 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  30.95 
 
 
1426 aa  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  30.95 
 
 
1426 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  31.47 
 
 
1216 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  32.96 
 
 
1434 aa  184  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  30.98 
 
 
1400 aa  183  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  30.49 
 
 
1398 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  35.26 
 
 
1319 aa  183  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  33.41 
 
 
1359 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  30.07 
 
 
1405 aa  182  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  29.83 
 
 
1388 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  30.89 
 
 
1251 aa  178  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  30.71 
 
 
1429 aa  177  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  32.27 
 
 
1509 aa  176  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  30.04 
 
 
1405 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  31.05 
 
 
1981 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  30.26 
 
 
1490 aa  173  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  28.28 
 
 
1417 aa  172  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  29.34 
 
 
1411 aa  170  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  28.78 
 
 
1377 aa  169  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  28.55 
 
 
1411 aa  169  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  28.73 
 
 
1411 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  28.78 
 
 
1397 aa  169  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  28.55 
 
 
1411 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  29.52 
 
 
1397 aa  168  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  29.21 
 
 
1377 aa  168  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  29.4 
 
 
1397 aa  167  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  28.73 
 
 
1411 aa  167  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  28.73 
 
 
1411 aa  167  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  29.98 
 
 
1199 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  27.31 
 
 
1494 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  34.71 
 
 
1317 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  32.68 
 
 
1229 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  30.93 
 
 
1677 aa  164  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  29.54 
 
 
1673 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  30.5 
 
 
1259 aa  162  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  31.55 
 
 
1149 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  29.75 
 
 
1593 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  29.8 
 
 
1189 aa  161  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.94 
 
 
1527 aa  161  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  31.72 
 
 
1518 aa  160  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  30 
 
 
1365 aa  159  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>